수국사는 1459년(세조 5)에 세조(재위, 1455~1468)가 큰아들 의경 세자(懿敬世子, 1438~1457: 德宗으로 추존)의 영혼을 위로하기 위해 정인사(正因寺)로 창건하였다. 덕종을 경릉(敬陵, 서오릉 내)에 안장하고 인근에 극락왕생을 기원하는 원찰을 두었다. 설준(雪峻)이 건립 책임을 맡아 총 119칸으로 완성하였다. 당시 한성부윤 김수온(金守溫, 1410~1481)은 「정인사중창기(正因寺重創記)」에 자세한 과정을 남겼다. 세조는 억불의 조선시대에도 신앙심이 돈독하여 여러 사찰을 창건, 중건한 호불군주(護佛君主)였다. 이후 절은 왕실의 원찰로 국행(國行) 수륙재를 설행하는 등 꾸준히 지원받았다. 1471년(성종 2)에는 덕종의 비이자, 성종의 어머니 소혜왕후(昭惠王后, 1437~1504)가 중창하여 수국사로 개명하였다. 그 후 1504년(연산군 10) 화재로 소실되어 오랫동안 폐허로 남아 있었다. 1897년(고종 34)에 북한산성 총섭(摠攝)으로 있던 월초 거연(月初巨淵, 1858~1934)이 중창의 발원을 세우고, 1900년(고종 37) 고종의 지원으로 현재의 위치인 태화산(太華山) 자락으로 이전, 중창하였다. 1907년(순종 1)에는 월초 거연이 강재희(姜在喜)·강문환(姜文煥) 등의 시주로 아미타후불탱화, 십육나한도, 극락구품도, 감로도, 신중도, 현왕도 등의 여러 불화를 봉안하였다. 아미타후불탱화의 화기에 대웅전과 대료(大寮)에 총 13점의 불화를 봉안하였다는 기록이 있다. 한국전쟁으로 전소되어 근근이 법등을 이어 오다가, 1995년 자용(慈容)이 법당 안팎을 금으로 개금한 대웅전(황금보전)을 신축하여 세간의 이목을 끌었다. 가람은 대웅전과 지장전, 문화센터 등으로 이루어져 있다. 성보문화재 가운데 대웅전의 목조아미타여래좌상과 복장유물이 보물이다. 중후한 얼굴과 건장함, 자연스러운 옷주름 등이 13세기에서 14세기 전반의 특징을 보여 준다. 1907년에 조성한 13점의 불화 가운데 현존하는 아미타후불탱화, 십육나한도, 극락구품도, 감로도, 신중도, 현왕도 등은 모두 서울시 유형문화유산으로 지정되었다. 이 시기 경기 지역의 대표적 화사(畵師)인 보암당(普庵堂) 긍법(亘法)이 주관하고, 두흠(斗欽)과 현상(炫祥) 등이 조성하였다.