선암사는 통일신라시대 875년(헌강왕 1)에 도선(道詵)이 창건하였다고 전한다. 고려시대 1088년(선종 5)에 대각국사(大覺國師) 의천(義天, 1055~1101)이 중창하였다. 이 시대에 조성한 부도 3점이 보물로 지정되어 있다. 조선시대까지 50여 개의 전각과 요사를 지닌 대찰로 발전하였으나, 1597년(선조 30) 정유재란 때 대부분이 소실되었다. 1660년(현종 1)에 경준(敬俊)·경잠(敬岑) ·문정(文正) 등이 중건하였고, 그후 침굉 현변(枕肱懸辯, 1616~1684)이 중수하면서 수행 가풍과 계율을 엄격히 정립하였다. 뒤이어 1699년(숙종 25) 무렵 침굉의 제자 호암 약휴(護岩若休, 1664~1738)가 가람을 일신하였다. 1819년(순조 19)에는 상월(霜月)이, 1824년(순조 24)에는 해붕(海鵬)·눌암(訥庵)·월파(月波)가 크게 중건하였다. 조선불교를 이끌어 간 많은 강사(講師)와 선사(禪師)가 이곳에서 수행하고 불법을 펼쳤다. 1911년 30본사 중의 하나가 되어 승주군과 여수시, 여천군 등의 21개 말사를 관할하였다. 1950년 한국전쟁 전에는 65동이나 되는 전각이 즐비하였으나 전란 중에 크게 소실되었다. 이후 꾸준히 복원, 중건하여 한국불교의 전통과 문화를 계승하고 있다. 1970년부터 현재까지 한국불교태고종이 관할, 상주하고 있으나 대한불교조계종이 소유권을 주장하며 제20교구 본사로 지정하였다. 2018년에 대흥사, 통도사, 법주사, 마곡사, 부석사, 봉정사 등과 함께 ‘산사, 한국의 산지승원’으로 유네스코 세계유산에 등재되었다. 가람은 대웅전을 중심으로 30여 개 동의 전각과 요사, 암자로 이루어져 있다. 가람 전체는 사적과 명승으로 지정되었고, 경내의 홍매와 백매는 천연기념물이다. 많은 성보문화재 가운데 보물이 15점, 전라남도 유형문화유산이 12점에 이른다. 보물은 통일신라시대 동·서의 3층 석탑과 동탑 출토의 사리장엄구, 고려시대의 무우전 뒤 승탑, 대각암 승탑, 선조암 승탑 등이다. 조선시대의 보물은 대웅전, 일주문, 승선교, 2기의 범종, 석가모니불 괘불탱, 서부도암 감로왕도, 도선국사 진영, 대각국사 진영, 33조사도 등이다.