석남사는 통일신라시대 824년(헌덕왕 16)에 도의(道義)가 창건하였다고 전한다. 석남사는 절의 위치가 석안산(碩眼山, 가지산)의 남쪽에 있다는 의미이다. 고려시대에는 목암 찬영(木菴粲英, 1328~1390)이 이곳에서 수행하였다. 찬영은 태고 보우의 제자로 1383년(우왕 9)에 왕사(王師)로 책봉되었고, 1393년(태조 2) 태조가 대지국사(大智國師)라는 시호를 내렸다. 조선시대 임진왜란 때 소실되었다가, 1674년(현종 15)에 탁영(卓靈)‧자운(慈雲)‧의철(義哲)‧태주(泰珠) 등이 중건하였다. 1803년(순조 3)에 침허(枕虛)‧수일(守一) 등이 중건하였고, 경보(璟甫)가 지장탱화를 조성하였다. 1863년(철종 14) 경운당 성규가 산신도를, 1889년에는 봉규가 독성도를 조성하였다. 근대 들어 1912년 우운(友雲)이 중수하였다. 한국전쟁으로 가람 전부가 소실되었다가 1957년 비구니 인홍(仁弘, 1908~1997)이 중창을 시작하였다. 20여 년 동안 대웅전과 극락전, 침계루, 심검당, 종루 등을 새로 지어 신라 고찰의 사격을 다시 일으키고 비구니 수행 도량으로 만들었다. 오늘날 절은 대표적인 비구니 참선 도량으로 자리매김하였다. 가람은 대웅전, 극락전, 조사전, 향로전, 종각, 침계루, 일주문, 금당, 호중당, 심검당, 강선당, 서래각, 선열당, 청화당, 백인당, 영봉헌, 정수원 등의 전각과 3층석탑, 통일신라 승탑(전 도의국사 부도), 석가사리탑 등으로 이루어져 있다. 이 가운데 승탑이 보물로 지정되어 있다. 승탑은 8각 원당형(圓堂形)으로 8각의 바닥돌 위에 기단과 탑신을 놓은 모습이다. 탑신에는 자물쇠를 새긴 문짝 조각이 있고, 양옆에 신장상(神將像)을 배치하였다. 통일신라 승탑의 아름다움을 그대로 간직하고 있다. 기단의 받침돌에 사리함을 안치하였으나 현재는 남아 있지 않아 승탑의 주인공이 누구인지 알 수 없다. 절의 창건주 도의라고 짐작한다. 3층 석탑은 통일신라 9세기의 양식을 지닌 창건 당시의 성보이다. 창건주 도의 선사의 가풍을 이은 듯 간결하고 단아한 모습이다.