부인사는 창건 시기와 창건자는 알 수 없다. 경내에 선덕묘(善德廟)라는 전각이 있었으므로 통일신라 선덕여왕(?~647) 대 전후에 창건한 것으로 추정한다. 고려시대 1203년(신종 6) 무렵, 부인사 승도들과 지역민들이 무장봉기를 일으켰다. 최씨 무신정권에 저항한 반란이었는데, 이 한 해 전에도 동화사와 운문사, 부인사의 승도들이 경북 영천의 관아를 공격한 일도 있었다. 이후 절에서는 대장경 판각에 참여하고, 이를 봉안하고 있었다. 우리나라 최초의 대장경이라는 뜻에서 초조대장경(初雕大藏經)이라고 한다. 초조대장경은 중국 북송(北宋)의 관판대장경(官版大藏經: 971∼983)에 이어 세계에서 두 번째로 간행한 한역(漢譯) 대장경이다. 거란족이 침입하자 붓다의 가르침과 신앙의 힘으로 민족을 지키려는 염원으로 1011년(현종 2)에서 1029년(현종 20)경까지 1,076종 5,048권을 판각하였다. 이 대장경을 1백여 년 동안 부인사에서 보관하고 있었다. 당시 절에는 39개의 암자가 있었고, 대중이 2천 명에 달했다고 한다. 그러나 1232년(고종 19) 몽고가 침입하여 절을 불태웠고, 대장경도 모두 소실되고 말았다. 이후 1251년(고종 38)에 다시 대장경을 판각하였고, 이 재조대장경(再雕大藏經)은 현재 해인사에 보관되어 있다. 절은 고려 중기에 중건하였으나 임진왜란으로 다시 소실되었다. 현재의 가람은 1930년대 초에 비구니 허상득(許相得)이 원래의 위치에서 서북쪽으로 약 400m에 있는 암자 터에 중창하였다. 경내에 있었던 선덕묘는 1991년 이전, 중건하여 선덕여왕숭모전으로 이름을 바꿨다. 2016년에는 부인사 옛터에서 돌로 만든 대형 수조와 계곡으로 연결한 수로를 발견하였다. 대장경을 인쇄하기 위한 종이를 만드는 데 필요한 시설로 추정하였다. 2024년에는 ‘부인사□(符仁寺□)’라는 글자가 새겨진 고려시대 기와를 발굴하기도 하였다. 대웅전, 명부전, 삼성각, 범종각, 숭모전, 삼광루 등으로 이루어져 있다. 성보문화재로는 통일신라의 석탑 2기, 고려 석등과 석등대석, 당간지주, 배례석, 고려의 마애여래좌상, 조선의 은통당(隱通堂) 부도 등이 있다.