봉정암은 신라시대 643년(선덕여왕 12)에 자장(慈藏)이 중국에서 가져온 진신사리를 봉안, 창건하였다고 전한다. 이후 봉정암은 석가모니의 진신사리를 봉안한 적멸보궁(寂滅寶宮)으로 자리매김하였다. 우리나라에는 5대 적멸보궁이 유명한데, 봉정암과 영축산 통도사, 오대산 중대사, 사자산 법흥사, 태백산 정암사 등이다. 암자는 설악산의 여러 절과 암자 가운데 가장 높은 해발 1,244m에 자리잡아 백담사에서 대청봉으로 향하는 용아장성의 기암괴석 절경 한가운데 있다. 여섯 시간 이상의 힘든 산행길인데도 진신사리를 참배하려는 발길이 이어진다. 만해 한용운(韓龍雲, 1879~1944)이 1923년에 편찬한 「백담사 사적기」에 자세한 중건 사실이 전한다. 창건 이후 667년(문무왕 17)에 원효(元曉, 617~686)가 암자를 새로 지었고, 고려시대 1188년(명종 18)에 보조 지눌(普照知訥, 1158~1210)이 중수하였다. 조선시대 들어 1518년(중종 13)에 환적(幻寂)이, 1548년(명종 3)에는 등운(騰雲)이, 1632년(인조 10)에는 설정(雪淨)이 중건하였다고 한다. 이후 여러 차례의 중수가 있었으나, 한국전쟁의 와중에서 전각이 모두 소실되었다. 1960년 법련(法蓮)이 법당과 요사를 새로 지어 법등을 다시 밝혔다. 1985년부터 6년여에 걸쳐 적멸보궁, 산운각, 일주문, 해탈문, 석등 등을 조성하였다. 가람은 적멸보궁, 산운각, 문수전, 범종각, 그리고 5층 석탑 등으로 이루어져 있다. 적멸보궁은 대웅전과 같은 주불전인데 안에는 불상이나 불화를 봉안하지 않고, 진신사리탑을 참배하도록 개방하였다. 5층 석탑은 자장이 당에서 이운해 온 석가모니의 사리 7과를 봉안하기 위해 건립하였다고 전한다. 높이가 3.6m인데 탑신의 비례, 옥개석의 양식 등이 고려 후기의 특징을 지니고 있다. 거대한 자연 암석을 기단으로 삼아 2개의 단을 만들고, 주위에 16개의 연잎을 돌려 기단부를 조성하였다. 탑신은 3층까지 모서리에 기둥을 새기고 경사가 급한 옥개석을 올렸다. 꼭대기에는 단순한 연꽃 봉오리를 올렸다. 보물로 지정되어 있다.