봉국사는 조선시대 1395년(태조 4)에 무학 자초(無學自超)가 약사사(藥師寺)로 창건하였다. 무학대사는 태조 이성계를 도와 조선을 건국하고 한양을 도읍으로 정하는 데 기여하였다. 이후 1468년(세조 14)에 중건하였고, 1669년(현종 10)에는 정릉(貞陵)의 원당(願堂)이 되면서 이름을 ‘나라를 받드는 절’이라는 뜻에서 봉국사로 바꿨다. 이름에 ‘나라 國’ 자가 들어간 절들은 왕실과 깊은 인연을 지녔다. 경국사, 흥국사, 수국사, 국녕사 등이다. 정릉은 태조의 비 신덕왕후(神德王后, ?~1396)의 능으로 원래는 도성 내에 있었으나 1409년(태종 9)에 현 위치로 옮겼다. 이후 1669년 신덕왕후의 신주를 종묘에 봉안하면서 정자각 등을 건립해 왕릉 규모에 맞추었다. 이후 절은 왕실의 기도처가 되었고, 이 전통은 계속 이어져 19세기 말 왕실의 상궁들이 절의 아미타괘불도를 조성하는 데 동참하기도 하였다. 1882년(고종 19)에 소실되었다가 이듬해 청계(淸溪)와 덕운(德雲)이 중건하였다. 1898년에는 운담(雲潭)·영암(永庵)·취봉(翠峰) 등이 명부전을 중건하였다. 1913년에는 칠성각, 1939년에는 염불당을 건립하였다. 1977년 2층의 천왕문(天王門)을 건립하였다. 가람은 만월보전, 명부전, 삼성각, 독성각, 염불당, 용왕각, 천불전 등으로 이루어져 있다. 천불전은 납골 봉안당이다. 봉국사 연화원이라는 이름으로 납골 봉안 시설을 운영하고 있다. 성보문화재로는 목조 석가여래좌상, 석조 지장 삼존상과 시왕상, 아미타괘불도, 지장시왕도, 명부전 시왕도 및 사자도 등이 서울시 유형문화유산으로 지정되어 있다. 목조 석가여래좌상은 조선 전기 1500년 무렵에 조성한 것으로 추정한다. 복장에서 시주질과 『예념미타도량참법』 4권, 17세기의 『묘법연화경』 3종, 다라니 9매 등이 발견되었다. 석조 지장 삼존상은 17세기의 양식을 지녔는데, 1898년 명부전을 중건하면서 다른 사찰에서 이운해 왔다. 불화 대부분은 19세기 말에 조성하였다. 이 가운데 괘불과 시왕도 등은 주로 천도재나 수륙재 등의 의례를 진행할 때 사용하므로, 19세기 이후 활발했던 봉국사의 의례 활동을 보여 준다.