보문사는 신라시대 635년(선덕여왕 4)에 회정(懷正)이 창건하였다고 전한다. 절을 창건하기 이전, 이곳에는 한 어부가 바다에서 건져 올린 여러 석불을 봉안하고 있었다. 금강산 보덕굴(普德窟)에서 수행 중에 관세음보살을 친견하였던 회정은 이곳이 관세음보살의 인연처임을 깨닫고 절을 창건하였다. 산 이름을 관세음보살이 머문다는 낙가산(落迦山)이라 하고, 절 이름은 『법화경』의 「관세음보살 보문품」에 따라 보문사라고 하였다. 절의 창건 시기를 고려 초기라고도 하나, 회정에 관한 기록이 전하지 않아 자세히는 알 수 없다. 조선 후기에 이르러 1812년(순조 12)에 중건하였고, 1867년(고종 4)에는 경산(京山)이 석굴을 중수하여 나한전을 조성하였다. 1893년(고종 30)에는 명성황후의 후원으로 전각과 요사를 중건하였다. 1918년에 대원(大圓)이 관음전을 중수하였고, 1919년에는 보경(寶鏡)이 관음탱화와 신중탱화, 칠성탱화 등을 봉안하였다. 1928년에는 배선주(裵善周), 이화응(李華應) 등이 가람 위의 눈썹바위에 마애 관세음보살상을 조성하였다. 1958년에는 만해 한용운의 제자, 춘성(春性, 1891~1977)이 나한전 석굴을 개수하였다. 이후 여러 차례의 중수를 거쳐 2005년에 와불을 조성하였고, 2009년에 오백나한상을 봉안하였다. 절은 관음성지로 유명하다. 우리나라의 4대 관음성지가 바로 양양 낙산사, 여수 향일암, 남해 보리암, 그리고 이곳 보문사이다. 가람은 극락보전과 용왕전, 삼성각, 와불전, 범종각, 선방 등의 전각과 마애 관세음보살상, 석실, 용왕단 등으로 이루어졌다. 석실 안에는 석가여래를 중심으로 미륵보살과 제화갈라보살의 삼존상과 관세음보살상, 19구의 나한상을 봉안하였다. 우리나라에서 흔치 않은 석굴사원이다. 마애 관세음보살상은 높이 920cm, 너비 330cm에 달하는 거대한 조각이다. 눈썹바위가 마치 지붕처럼 돌출되어 있어 비바람으로부터 관세음보살을 보호하는 형태이다. 네모진 얼굴에 커다란 보관을 쓰고 정병(淨甁)을 두 손으로 든 채 연화대좌에 앉아 있는 모습이다. 전체적으로 투박하고 거친 모습이지만, 소원을 염원하는 기도객의 눈에는 한없이 자비로운 모습이다.