보리암은 신라시대 683년(신문왕 3)에 한국불교의 위대한 성인 원효(元曉, 617~686)가 창건하였다. 원효는 수행 중에 관세음보살의 영험을 받은 뒤, 이곳에 보광사(普光寺)를 창건하였다고 전한다. 남해 한려해상공원의 절경이 한눈에 펼쳐지는 보광산의 명승지에 자리 잡고 있어서 예로부터 관음성지(觀音聖地)로 손꼽는다. 관음보살은 바위에 앉아 물에 비친 달을 보며 중생을 이롭게 한다고 한다. 이에 따라 고려시대 이후에 수월관음도(水月觀音圖)가 크게 유행하였고, 관음성지는 주로 바닷가를 중심으로 형성되었다. 우리나라 4대 관음성지가 바로 양양 낙산사, 강화도 보문사, 여수 향일암, 그리고 이곳 보리암이다. 창건 이후의 자세한 역사는 전하지 않는다. 조선시대 1660년(현종 1)에 현종이 절을 왕실의 원당(願堂)으로 삼고 ‘깨달음을 이루는 암자’라는 뜻에서 보리암으로 이름을 고쳤다. 그 뒤 1901년에 낙서(樂西)와 신욱(信昱)이 중수하였고, 1954년에는 동파(東波)가, 1969년에는 소황(素滉)이 중건하였다. 소황은 보리암에서 20여 년간 수행하였고, 가야산 해인사 백련암을 중건하기도 하였다. 2000년에는 묘유(妙有)가 중건하여 오늘날 가람의 모습을 갖췄다. 가람은 보광전과 극락전, 산신각, 간성각(看星閣), 범종각, 설법전 등의 전각과 해수관세음보살상, 3층 석탑 등으로 이루어졌다. 보광전이 주불전인데, 안에는 목조관음보살좌상을 중심으로 좌우에 남순동자상(南巡童子像)과 해상용왕상(海上龍王像)을 봉안하였다. 이 세 존상을 하나의 불감(佛龕) 형식으로 조성하였다. 목조관음보살좌상은 통통한 뺨에 화려한 보관(寶冠)을 쓰고 손에는 보병(寶甁)을 들었다. 조선 후기 17세기 양식을 지녔다. 간성각은 다른 사찰에서는 볼 수 없는 독특한 이름이다. 이곳에서 12월과 1월 사이에 노인성(老人星: 南極星·壽星)을 잘 볼 수 있어서 붙은 이름이다. 3층 석탑은 높이 2.3m의 아담한 크기로 법당 앞이 아니라 산 중턱에 봉안하였다. 탑을 세워 산의 지세를 안정시킨다는 풍수지리의 영향으로 보인다. 1층 기단에는 각 면에 안상(眼象)을 조각하였고, 2층 기단은 폭을 크게 줄였다. 간결하고 꾸밈없는 고려 전기의 양식을 지녔다.