유식학에 따르면 마음의 작용 결과는 심층에 존재하는 알라야식에 종자(種子)로 간직되어 있고, 이 종자는 인연에 따라 작용을 일으키게 되는데, 이러한 종자의 성격을 반영하여 종자를 공능차별(功能差別, śakti-viśeṣa: 특수한 정신적 에너지)이라고도 한다. ‘공능’은 결과를 생겨나게 하는 에너지 곧 힘을 말하며, ‘차별’은 특수하고 뛰어나다는 의미를 지닌다. 공능 자체에 결과를 생겨나게 하는 힘의 의미가 있기 때문에 종자를 공능이라고도 한다. 종자는 잠재적 에너지 곧 공능이기 때문에 의탁할 곳이 필요하다. 이곳이 알라야식이다. 그리고 알라야식과 종자는 불가분의 관계이다. 예컨대 책을 읽거나 미술관에서 작품을 감상하거나 음악회에서 연주를 들을 때 그 결과는 사라지지 않고 나도 모르는 사이에 마음 깊은 곳에 있는 알라야식에 흔적을 남기는데, 이 흔적을 종자라고 한다. 이 종자는 또 다른 행위를 일으키는 원인이 된다. 종자설을 최초로 제안한 경량부(經量部)에서는 “종자란 업과 번뇌가 훈습된, 그리하여 결과를 낳는 직접적이고도 간접적인 공능을 지닌 육처(六處)”라고 하였다. 반면 『아비달마구사론(阿毘達磨俱舍論)』에서는 “종자란 결과를 낳는 힘을 지닌 명색(육처, 오온)”이라고 한다. 하지만 유식학에서는 알라야식이 종자를 저장하고 있으며 알라야식과 종자는 서로 불가분의 관계로 보고 있다. 유식 논서 『성유식론』에 따르면, 종자는 선·악·무기(無記)를 일으킬 힘이 결정되어 있다. 선의 종자에서 악의 결과가 현행한다거나, 악의 종자에서 선의 결과가 현행하는 경우는 절대 없다. 또한 종자는 미래의 결과를 발생시키면서 그 결과와 함께 존재한다. 그리고 알라야식에 존재하는 종자가 인(因)으로 있다고 해도 이에 상응하는 연(緣)이 없으면 이후의 작용을 일으킬 수 없다. 따라서 언제까지라도 연이 있을 때까지 기다린다. 종자는 알라야식 속에 잠재적 에너지[因]로서 존재하다가 연이 다가오면 그때 현현되어 그 공능을 발휘한다.