⑴ 밀행은 계율을 엄격하게 지키면서 은밀하게 실천한다는 뜻의 지계밀행(持戒密行)을 줄인 말이다. 십대제자 가운데 라훌라(Rāhula)는 석가모니 부처님의 아들로 태어나 출가하였지만, 부처님은 이러한 배경이 장애가 될 수 있음을 라훌라에게 교시한다. 그 후부터 라훌라는 지계를 철저하게 완성하였기 때문에 밀행제일로 불리게 되었다. 『법화경(法華經)』에서는 계의 청정함을 지키는 라훌라의 밀행은 오직 부처님만이 능히 알 수 있는 경지라고 말한다. 이에 대해 『법화현의석첨(法華玄義釋籤)』에서는 소승에서 설해지는 라훌라의 밀행과 『법화경』에서 설해지는 라훌라의 밀행이 어떻게 다른지에 대해 풀이하는데, 이에 따르면 소승에서는 세세한 항목에 이르기까지 계를 지키는 것을 뜻하지만, 『법화경』의 밀행은 그 자취에 대해 말하기는 하나 그러한 자취가 본래 뜻을 드러내지 않기 때문에 ‘밀(密)’이라고 부른다고 해설한다. 즉 남의 눈에 띄지 않는 가운데에서도 은밀하게 스스로 행할 바를 실천하는 것을 강조한다. ⑵ 삼밀행(三密行)을 줄여서 밀행이라고 한다. 삼밀(三密), 삼밀행법(三密行法) 혹은 비밀행(祕密行)이라고도 한다. 금강승(金剛乘, Vajrayāna)에서는 신(身)·구(口)·의(意) 세 가지 측면의 행위가 일체 여래들이 지닌 금강과도 같은 신업(身業)·구업(口業)·의업(意業)의 세 가지 업과 궁극적으로는 동일하다는 점을 자각해야 한다고 교설한다. 그렇기 때문에 밀교의 수행법은 이러한 경지를 증득하기 위해 삼밀행을 강조한다. 구체적으로 신밀(身密)은 모든 부처님의 인계(印契)를 맺는 것이며, 구밀(口密)은 입을 통해 진언(眞言)을 독송하며, 의밀(意密)은 만다라에 모시는 제존(諸尊)을 관상하는 것을 말한다. 일본 진언종의 개조인 구카이(空海, 774~835)는 『성자실상의(聲字實相義)』에서 육진(六塵)의 본질은 우주의 진리인 부처님의 삼밀에 지나지 않으며, 여래의 차별 없는 삼밀은 법계에 가득하고 영원하다는 점을 들어 삼밀행의 중요성을 설파한다.