천태종의 화의사교(化儀四敎) 중 하나로, 석가모니불의 교화에 의해 중생이 얻은 이익을 다른 중생이 알지 못하게 하여 각자에게 맞는 가르침을 베푸는 설법 형식을 말한다. 천태학에서는 석가모니불이 설법한 시기에 따라 다섯 시기[五時]로 구분하여 그 교설의 설법 형식 또는 교화 방법을 네 가지로 구분하는데 이를 화의사교라고 한다. 여기서 화의(化儀)는 중생을 교화하는 방식 또는 의식이라는 뜻으로서 가르침의 방식에 따라 돈교(頓敎)⸱점교(漸敎)⸱비밀교(祕密敎)⸱부정교로 나누고 있다. 특히 비밀교는 이익을 얻은 중생이 서로 그러한 사실을 모르도록 하는 가르침의 방식이기 때문에 이 이름으로 부른다. 천태 지의가 『대품반야경(大品般若經)』 「무작실상품(無作實相品)」 제43의 경문과 이것을 해석한 『대지도론(大智度論)』에서 부처님의 법륜을 현밀(顯密)로 나누는 문장에 의거하여 새롭게 세운 것이 제3 비밀교이다. 당시에 돈교, 점교, 부정교가 있었는데 여기에 비밀교를 더해서 사교(四敎)가 된다. 상세하게 살펴보면 부정교를 현료(顯了)부정교와 비밀부정교로 나누고 비밀부정교를 비밀교로 한 것이다. 따라서 이 가르침은 특수한 근기에 대해 비밀스럽게 교화하는 방식을 사용하는 것을 말한다. 이러한 가르침은 석가모니불이 신⸱구⸱의 삼밀(三密)을 가지고 자재하게 중생을 교화하는 삼륜불가사의(三輪不可思議)한 가르침이기 때문이다. 이런 이유로 어떤 사람에게는 돈교를 설해 주기도 하고 어떤 사람에게는 점교를 설해 주기도 하지만 서로 알지 못한다. 그러므로 비밀교는 부정교와 설법 형식은 같지만 비밀교가 사람과 법을 모두 알지 못하는 비밀스러운 설법인 데 비해 부정교는 사람은 알지만 법은 모르는 설법이다. 『마하지관(摩訶止觀)』에서는 처음 근기가 둔한 사람에게 십이인연의 생멸상을 가르쳐 주었는데, 법회에 참석한 근기가 예리한 다른 보살이 십이인연에 숨어 있는 불생불멸을 이해하여 곧바로 불성을 깨닫고 무생법인(無生法忍)을 얻게 되는 것이 비밀의 뜻이라고 설명하고 있다. 이와 같이 비밀교의 비밀은 몇 가지 다른 뜻으로 해석될 수 있다.