경절문(선)·원돈문(교)·염불문(염불)을 함께 닦은 조선 후기의 수행 체계로서 삼문의 일치를 내세워 전통의 종합적 계승이 가능하였다. 17세기 전반에는 경절문(徑截門), 원돈문(圓頓門), 염불문(念佛門)의 삼문 체계가 정립되면서 수행의 영역 안에 선·교·염불이 포괄되었다. 삼문 체계의 원형을 처음 제시한 이는 청허 휴정(淸虛休靜, 1520~1604)이었다. 그는 선을 닦는 경절문과 교학에 해당하는 원돈문, 유심(唯心)정토와 서방정토를 아우르는 염불문을 강조하였다. 이는 정혜쌍수(定慧雙修)와 돈오점수(頓悟漸修), 즉 선과 교의 융합을 기조로 마지막에 간화선 수행을 배치한 보조 지눌(普照知訥)의 삼문과는 달랐다. 삼문수업 체계를 이론적으로 정비한 이는 휴정의 제자 편양 언기(鞭羊彦機, 1581~1644)였다. 언기는 경절문은 조사의 화두를 참구하여 곧바로 깨달음에 이르는 수행 방법이고, 원돈문은 교를 빌려서 핵심 가르침을 드러내는 것으로 교학을 통한 뒤에 선에 들어가야 한다고 주장하였다. 또 염불문을 마음을 하나로 모으기 위해 수행하는 유심정토 염불과 서방정토의 아미타불을 믿고 왕생을 기원하는 서방정토 염불로 구분하였다. 삼문 체계의 특징은 선·교·염불을 전문적으로 닦으면서도, 여러 수행법을 용인하는 포괄적·융합적 수행 방식이라 할 수 있다. 이렇게 선·교·염불이 삼문 수행 체계 안으로 포섭되면서 다양한 불교 전통이 함께 계승될 수 있는 기반이 마련되었다. 특히 염불문이 수행 방식으로 정착하면서 경절문, 원돈문과 대등한 위상이 되었다. 『염불환향곡(念佛還鄕曲)』을 지은 기성 쾌선(箕城快善, 1693~1764)은 선과 화엄을 배운 뒤 염불문의 입장에서 선과 교를 포괄하였다. 그는 염불문이 능력이나 수행의 단계를 제한하지 않아서 삼문 중 가장 뛰어나다고 보았다. 삼문수업이 뿌리를 내리면서 선승뿐 아니라 염불승도 수좌(首座)라 불렀고, 교학승은 강사(講師)라 했으며, 삼문을 업으로 하는 이들은 이판(理判) 승려로 인정받았다. 진허 팔관(振虛捌關)이 쓴 『삼문직지(三門直指)』(1769)에서는 “경절문, 원돈문, 염불문의 삼문을 통해 심성을 바로 깨닫고 법계(法界)에 증득해 들어가며 정토에 왕생한다. 삼문이 비록 각각 다르지만 그 요체는 같다.”라고 하여 삼문의 근원적 동일성을 강조하였다. 17세기 전반에 정비된 삼문수업은 교육과정인 이력 과정과 공통점을 가진다. 바로 선과 교를 비롯해 염불신앙, 의례 등을 종합적으로 계승하는 기반이 되었고, 이는 조선 후기 불교의 정체성을 이루면서 한국불교 전통의 원형을 형성하였다.