대한제국 시기인 1902~1904년에 전국의 사찰과 승려들을 관리하기 위해 서울 원흥사에 설치한 궁내부 소속의 관서이다. 1899년(고종 36)에 서울 동대문 밖에는 전국의 수사찰 원흥사(元興寺)가 세워졌다. 1902년 4월 11일 대한제국은 사사관리서 설치에 관한 안건을 발표했고, 전국 사찰과 불교 교단을 관리하기 위해 궁내부 소속으로 사사관리서를 원흥사 안에 설치하였다. 4월 15일에는 책임자로 권종석(權鍾奭) 주임관과 그 아래 10명의 관리가 파견되었다. 이때 궁내부 칙령에 의해 원흥사는 대법산(大法山)이 되었으며, 지방에는 16개 중법산(中法山)이 지정되어 각지의 사찰을 그 아래에 편제하였다. 전국의 사찰과 보유 산림 등을 관리하고 승려 자격증을 주는 도첩제(度牒制) 시행 등이 사사관리서의 주요 업무였다. 또 관리 법규로 대한제국 사찰령 36조가 반포되었는데, 충과 효‧왕법의 준수 등 8개의 종칙이 제정되었고, 불교의 정치 참여를 금한다는 조항도 포함되었다. 앞서 1894년(고종 31)부터 시행된 갑오개혁으로 관제가 개편되면서 남·북한산성 의승군 등 승군(僧軍)과 승역(僧役), 총섭(摠攝)과 같은 불교 관련 제도가 중단되었다. 이에 승려와 사찰을 통제할 필요성에 의해 성립된 것이 사사관리서와 대법산·중법산 체제였다. 하지만 일본의 정치적 개입과 병합 의도가 노골화되고 대한제국 정부의 국정 장악력이 점차 약화되면서 사사관리서와 사찰령 체제는 1904년(고종 41) 1월 11일 폐지되었다. 다음 해인 1905년에는 일본의 보호국으로 전락하게 되면서 통감부(統監府)가 설치되었고, 1906년에는 일본불교계의 한국 사찰 관리와 보호를 허용하는 사찰 관리 세칙이 시행되기에 이르렀다. 갑오개혁으로 불교 관련 제도가 혁파되면서 대한제국은 사찰과 승려를 관리할 목적으로 원흥사에 사사관리서를 두었다. 하지만 급박한 시세를 반영하여 2년 만에 폐지되었고, 1906년부터는 통감부에 의해 사찰 관리 세칙이 시행되었다.