고려의 비보사(裨補寺)를 정비하여 지정한 조선 초기 지방 군현의 중심 사찰로서 세종 때 선교양종의 승정 체제가 확립되면서 혁파되었다. 도선(道詵, 827~898)이 정했다고 하는 고려시대 전국 각지의 비보사를 조선 초에는 자복사(資福寺)라고 하였다. 조선의 태종과 세종 대에 불교 종파를 축소하고 사찰의 경제 기반 상당수를 속공하는 억불 조치가 시행되었다. 1406년(태종 6) 3월에 11개 종파의 242개 사찰을 제외한 전국 사찰의 전민(田民)을 정리하여 전지 3만~4만 결, 노비 8만 명을 관공서에 귀속시켰다. 이때 242사의 선정은 고려의 밀기(密記)에 수록된 주현 단위 비보사와 당시 지방관의 실태 조사를 통해 얻은 답산기(踏山記)를 근거로 하였다. 그런데 다음 해 12월에는 11개 종파를 다시 조계종(曹溪宗)·천태종(天台宗)·화엄종(華嚴宗)·자은종(慈恩宗)·시흥종(始興宗)·중신종(中神宗)·총남종(摠南宗)의 7개로 줄였고. 또 242사 가운데 88개 읍내(邑內) 자복사를 산수 좋은 곳의 명찰로 대체하였다. 당시 읍내 자복사에는 토지 20결(結)과 노비 10명, 10명의 거주승이 허용되었는데, 읍 밖의 사찰에는 토지 60결과 노비 30명, 거주승 30명을 인정해 주었다. 이처럼 읍 밖의 사찰은 읍내 자복사에 비해 3배 규모가 주어졌고, 불교계 입장에서도 더 많은 토지와 노비의 소유가 가능한 방안이었다. 이러한 조치는 조선의 지역 질서 개편 과정에서 고려의 유산인 자복사를 청산하려는 정책적 의도와 관련이 있다. 당시는 조선 개국 후 지방관이 주도하는 지역 지배질서를 강화하면서 향리(鄕吏) 중심의 고려적 향촌 지배질서를 대체해 나가던 때였다. 또 유교적 예제를 지방 단위에서도 구현하기 위해 이전의 제도와 전통을 극복해 가던 시기였기에, 지방 행정의 중심지인 읍치(邑治)에 있던 자복사는 일차적 혁파 대상이었다. 1424년(세종 6) 3월에는 유명무실해진 각 관(官)의 자복사를 모두 폐지하라는 명을 내렸다. 이어 4월에는 기존 7개 종파를 선교양종(禪敎兩宗)으로 통합하였고, 승려 인사와 행정을 담당해 온 승록사(僧錄司)를 없애며 대신 선종과 교종의 도회소(都會所)를 서울 흥천사(興天寺)와 흥덕사(興德寺)에 두었다. 이때 선종과 교종 각각 18개씩 총 36개 사찰이 새로운 승정 체제에 편입되었고, 정식 승려 수는 3,750명, 사전(寺田)은 7,900여 결이 용인되었다. 자복사는 고려시대 비보사의 전통을 이어 조선 초 지방 군현의 종교적 구심점 역할을 하던 중심 사찰이었으나, 1424년 선교양종의 승정 체제 확립과 함께 폐지되었다.