1406년(태종 6)에 의정부 계청(啓請)에 등장하는 당시 한국불교 11개(혹은 12개) 종파들 중의 하나이다. 이 11개 종파 중에서 밀교와 관련하여 두 개의 종파가 있는데, 신인종(神印宗)과 총지종(摠持宗)이 있다. 밀교가 인도에서 성립된 뒤에, 선무외(善無畏, 637~735)‧금강지(金剛智, 671~741)‧불공(不空) 등에 의해서 중국으로 들어와 진언종(眞言宗)이 형성되었다. 이후, 의림(義林)‧혜일(慧日) 등 신라의 고승들이 중국으로 유학하여 밀교의 진리를 한국에 전하였다. 한국에서 혜통(惠通) 국사에 의해 692년(효소왕 1) 개종되었으며, 신라와 고려에 크게 전파되었다. 고려시대에는 ‘지념업(持念業)’으로 불렀고, 조선 초에는 ‘총지종(摠持宗)’이라고 하였다. 지념업에서 ‘지념(持念)’이란, 구밀(口密)로서 진언다라니(眞言陀羅尼)를 염송(念誦)하는 행위 자체와 삼매(三昧, samādhi)가 함께하는 것을 가리킨다. 즉, 선정 속에 든 상태에서 진언다라니를 염송함으로써 부처를 관(觀)하는 것을 말한다. 이처럼, 지념이라는 말에는, ‘선정 속에서 진언다라니를 염송하는 것’을 의미하는 ‘선밀쌍수(禪密雙修)’라는 요소와 ‘부처의 경지를 관(觀)하는 것’을 의미하는 ‘불경현전(佛境現前)’이라는 요소들이 있다. 총지종에서 ‘총지(摠持)’란, ‘다라니(dhāraṇi)를 지닌다’는 것으로, 선법으로 악법을 능히 물리친다는 ‘능지(能持)’ 또는 ‘능차(能遮)’를 의미한다. 이것은 밀교의 삼밀(三密) 중에서 여래의 무량한 공덕을 ‘잘 갖추고[總攝任持]’ ‘잃지 않는다[攝藏不失]’는 의미를 지니는 구밀(口密)에 해당한다. 즉, 진언다라니를 수지함으로써 대승불교의 요의를 지니고 염송함으로써 수행자에게 미칠 수 있는 내외의 유혹으로부터 방비한다는 것을 의미한다. 고려 말 조선 초에 잠깐 이름이 드러났던 총지종은 1407년(태종 7)에 7종파로 축소될 때 남산종(율업)과 통합되어 총남종(摠南宗)이 되었다. 그리고 1424년(세종 6)에 양종으로 축소될 때에 조계종‧천태종과 함께 선종(禪宗)이 되었다.