『조선왕조실록』 기록에 의하면, 불교 종파가 11개 있었다고 하므로, 고려 후기에는 이러한 종파들이 실제로 있었을 것으로 추정된다. 이 중에서 중신종은 중도종(中道宗)과 신인종(神印宗)이 통합되어 성립된 불교 종파이다. 중도종(中道宗)의 기원에 대해서는, 종래에 ‘해동종 후신설’과 ‘유가종 후신설’이 있었으나, 최근에는 중관학 관련 종파로 보는 학설이 유력하게 등장하였다. 이 설에 의하면, 인도의 중관학이 중국으로 건너와서 삼론종을 형성하였고, 다시 한국으로 건너와 중도종으로 활동하였을 것이라고 본다. 즉, 중도종은 고구려에서 활발하게 활동하다가 삼국 통일 이후에는 잠시 주춤하였고, 고려시대에 명맥을 유지하다가 말기에 모습을 드러냈다는 것이다. 신인종(神印宗)은 신라의 명랑(明朗)에 연원을 둔 밀교 관련 종파이다. 명랑은 674년(문무왕 14) 당(唐)이 신라를 침략하자, 경주 남쪽에 사천왕사를 조성하고 신상(神像)을 만든 뒤에 문두루비법(文豆婁秘法)으로 당의 군대를 물리쳤다고 한다. 고려 초기에는 이 일을 기념하기 위해서 광학(廣學)과 대연(大緣)의 건의로 현성사(現聖寺)를 세웠다고 한다. 다만, 통일신라나 고려시대에 종파로서의 구체적 모습은 확인되지 않고 있다. 『조선왕조실록』의 「태종실록(太宗實錄)」에 따르면, 중도종과 신인종은 1406년(태종 6)에 별도의 종파를 이루고 있었으나, 이듬해(태종 7) 중신종(中神宗)으로 통합된다. 조선왕조는 이러한 조치와 함께, 고려부터 이어져 온 자복사(資福寺) 88개를 명산의 사찰로 대체했는데, 중신종에는 임실의 진구사, 함흥의 군니사, 아주의 동림사, 청주의 보경사, 봉화의 태자사, 고성의 법천사, 배주의 견불사, 익주의 미륵사 등이 포함되었다. 이후, 조선왕조의 교단 통합 정책에 의하여 중신종의 운명도 곧 바뀌게 되었다. 중관학 계통의 중도종과 밀교 계통의 신인종의 동거는 오래가지 못하고, 1424년(세종 6)에 다시 조계종‧천태종과 함께 선종(禪宗)에 포함되었다.