비구니 긍탄(亘坦)이 비구니 은영(恩榮)과 함께 석가모니 부처님의 양모(養母)이자 최초의 비구니인 대애도 구담미(大愛道 瞿曇彌, Mahapajapati Gotami)를 원조로 하여 서울 성북구 보문동 보문사에서 창종한 종단이다. 줄여서 보문종이라고 한다. 이른바 ‘불교 정화 개혁’이 진행되던 1962년에 통합 종단 조계종이 출범하였지만, 내부적으로는 비구승 측과 대처승 측의 대립이 격화되었다. 긍탄과 은영은 그 소용돌이에 휘말리지 않고 비구니의 독립적인 권리와 능력을 인정받고자 고심하였고, 1970년 태고종이 출범한 이후 1971년에 대한불교보문원을 설립하였다. 그리고 그 이듬해에 비구니의 수행 환경 수호와 여성의 권익 향상 등 사회 발전에 기여하기 위하여 대한불교보문종을 창종하였다. 보문종 종지에 대해서 종헌 제2조는, “구원본존(久遠本尊)이신 석가모니 부처님의 출세본회(出世本懷)를 봉체(奉體)하고 그 화신인 관세음보살의 구세원력(救世願力)을 성취하기 위한 전미개오(轉迷開悟)의 자리수행(自利修行)과 구세도생(救世度生)을 종지로 삼는다.”라고 하였다. 소의경전은 『묘법연화경』 「관세음보살보문품」으로 하고 기타 대승 경전의 연구를 제한하지 않으며, 염불과 주력 등 여러 수행법을 제한 없이 포용하여 수행하고 있다. 보문종의 종지를 실천하기 위한 중앙 기구로는 종정(宗正)을 정점으로 하여 원로원, 종회, 총무원, 호계원 등을 갖추고 있다. 주요한 행사로는 음력 2월 15일 열반절, 4월 8일 석탄절, 12월 8일 성도절, 매월 18일 지장회(地藏會), 매월 24일 관음회(觀音會) 등이 있다. 부설 사회사업으로는 공민학교 겸 강원인 보강원과 보문양로원‧은영어린이집 등을 경영하고 있는데, 양로원에서는 월 1회 걸인들을 초청하여 위로하는 모임도 개최하고 있다. 유일한 비구니 종단인 대한불교보문종은 여성의 권리와 권익이 더욱 신장되고 보호받는 현대사회의 경향에 부합한다. 현재 한국불교종단협의회 소속 종단의 일원으로 활동하고 있으며, 자세한 사항은 종단협의회 공식사이트를 참고할 수 있다.