만어사의 창건에 관해서는 두 가지 이야기가 전한다. 첫 번째는 가야 수로왕(首露王)의 창건설이다. 가야 땅에 살던 독룡(毒龍)과 만어산에 살던 나찰녀(羅刹女)가 서로 사귀면서 기상이 악화하여 여러 해 흉년이 들었다. 수로왕이 부처님께 빌자, 부처님이 6비구와 1만의 천인(天人)들을 데리고 와 독룡과 나찰녀에게 설법수계(說法授戒)하여 모든 재앙을 물리쳤다. 이때 동해의 물고기와 용들이 불법에 감동하여 만어산으로 모여들어 돌이 되었다. 이를 기리기 위해서 수로왕이 절을 창건하였다고 한다. 절 앞에 펼쳐진 너덜과 만어산(萬魚山)이라는 산 이름이 결합한 전설이다. 일연(一然, 1206~1289)은 『삼국유사』 「어산불영」조에서 1180년(명종 10)에 창건하였다는 기록을 전한다. 현재 대웅전 앞의 3층석탑이 고려 전기의 양식을 지니고 있으므로 이때 창건된 것으로 보아야 옳은 듯하다. 이후 1506년(중종 1), 1879년(고종 16)에 중건하였고, 1880년에는 아미타오존도를 봉안하였다. 가람은 대웅전과 미륵전, 삼성각, 3층석탑(보물) 등으로 이루어져 있다. 대웅전은 앞면 3칸, 옆면 2칸의 맞배지붕 건물로 안에는 조선 후기에 조성한 석조여래좌상을 봉안하였다. 미륵전은 앞면 3칸, 옆면 2칸의 2층 건물이다. 안에는 불상이 아니라 커다란 자연석 바위를 봉안, 미륵불로 예경하고 있다. 3층석탑은 높이 3.7m로 간결하고 안정감 있는 모습이다. 지붕돌이 약간 파손되었으나 절의 창건 기록을 뒷받침하는 중요한 석탑이다. 절 앞의 산비탈에는 너비 100m, 길이 500m 규모의 너덜지대가 있다. 크고 작은 돌무더기가 마치 물고기가 무리 지어 강물처럼 흘러가는 장관이다. 이 돌들은 3만 년 전에 형성된 것으로 섬록암, 반려암, 화강암이 섞여 있다. 돌을 두드리면 종소리처럼 맑은 쇳소리가 난다고 하여 종석(鐘石), 경석(磬石)이라고 부른다. 일연은 『삼국유사』에서, “이 골짜기 속의 돌 3분의 2는 쇳소리와 옥소리를 내는데, 멀리서 보면 부처님의 모습이 나타나고, 가까이서 보면 그 모습이 사라진다.”라고 하였다.