마곡사의 창건에 관해서는 두 가지 이야기가 전한다. 먼저 절의 사적기에서는 640년(백제 무왕 41) 자장율사 창건이라고 한다. 그러나 당시 이 지역은 백제 땅이었으므로 신라 출신인 자장의 창건설은 신빙성이 부족하다. 두 번째는 신라하대 성주산문을 개창한 무염(無染, 801~888)이 창건하고 스승인 마곡 보철(麻谷普徹)을 기리는 뜻에서 절 이름을 마곡사라고 하였다고 한다. 고려시대 1172년(명종 2)에 보조 지눌(普照知訥)이 제자 수우(守愚)와 함께 중창하였고, 조선시대에는 세조가 절에 와서 ‘영산전’ 글씨를 내렸다고 한다. 1651년(효종 2)에 각순(覺淳)이 대웅전과 영산전 등을 중건하여 오늘날 가람의 기반을 이루었다. 근대 들어 백범 김구가 이곳에서 출가하였다. 백범은 1898년 23세 때 인천감옥을 탈옥한 후, 도피 생활을 하다가 마곡사로 출가하였다. 일제를 피하기 위한 도피의 일환이었지만, 김구는 원종(圓宗)이라는 법명으로 6개월 동안 마곡사에 살았다. 이후 평양 영천암(靈泉庵)에서 승복을 벗을 때까지 총 1년 정도를 스님으로 지냈다. 1945년 광복과 함께 민족의 영웅이 되어 귀국한 김구는 마곡사를 찾아 어려운 시절의 은혜에 감사를 표하였다. 가람은 대광보전(보물)과 대웅보전(보물), 영산전(보물), 사천왕문, 해탈문, 5층석탑(보물) 등으로 이루어져 있다. 대광보전은 앞면 5칸, 옆면 3칸의 팔작지붕 건물로 1788년에 중수하였다. 안에는 비로자나불을 봉안하고, 1788년에 조성한 영산회상도와 백의수월관음도 벽화 등으로 장엄하였다. 대웅보전은 보기 드문 2층 전각으로 1651년에 중건하였다. 이때는 대장전(大藏殿)이었는데 1785년에 중창하면서 대웅보전으로 바꿨다. 1층은 앞면 5칸‧옆면 4칸이고, 2층은 앞면 3칸‧옆면 3칸으로 팔작지붕 건물이다. 안에는 석가여래와 약사여래, 아미타여래의 삼세불을 봉안하였다. 영산전은 앞면 5칸, 옆면 3칸의 맞배지붕 건물로 조선 후기의 양식을 잘 지닌 단아한 모습이다. 안에는 천불(千佛)을 봉안하였다. 5층석탑은 고려 후기에 원나라의 양식을 수용하여 조성하였다. 탑신에 여래‧보살 등을 조각하였고, 꼭대기의 청동 머리 장식을 라마탑 양식으로 만들었다. 2018년 절은 통도사·대흥사·법주사·선암사·부석사·봉정사 등 6개 사찰과 함께 ‘산사, 한국의 산지 승원’이라는 이름으로 유네스코 세계유산에 등재되었다.