동학사는 통일신라 724년(성덕왕 23)에 회의(懷義)가 창건하여 청량사(淸凉寺)라고 하였다. 고려 초에 신라의 충신이었던 박제상(朴堤上)을 추모하는 동학사(東鶴祠)가 있었는데, 여기서 절 이름이 유래한다. 1394년(태조 3) 길재(吉再)가 운선(雲禪)과 함께 고려 왕과 정몽주(鄭夢周, 1337~1392)의 제사를 지냈다. 1399년(정종 1)에는 고려 유신 유방택(柳芳澤)이 절에서 정몽주·이색(李穡, 1328~1396)·이숭인(李崇仁, 1347~1392) 등의 초혼제를 지냈는데, 이후 제를 지낸 곳을 삼은단(三隱壇)이라고 하였다. 다음 해에 공주목사 이정한(李貞翰)이 이들을 기리는 삼은각(三隱閣)을 지었다. 1457년(세조 3)에는 김시습(金時習) 등이 삼은단 옆에 단을 쌓아 사육신(死六臣)의 초혼제를 지내고 단종의 제단을 만들었다. 다음 해에 세조가 절에 와서 왕위 등극 과정에서 사망한 이들의 위령제를 지냈다. 당시 친필로 동학사라고 사액하고, 초혼각(招魂閣)을 지어 승가와 유생이 함께 제사를 지내도록 하였다. 절은 이처럼 고려와 조선의 충신들을 추모하는 기능을 하면서 조정과 관청의 지속적인 지원을 받았다. 1864년(고종 1)에는 만화 보선(萬化普善, ?~1879)이 퇴락한 전각을 헐고 새롭게 중건하였다. 만화는 곧이어 강원을 개설하여 젊은 승가를 교육하는 교육 도량으로 가꿔 나갔다. 1871년(고종 8)에는 만화에게 경론을 배운 경허 성우(鏡虛惺牛, 1849∼1912)가 주석하였다. 수행과 강의에 매진하던 1879년 경허는 석 달 동안의 치열한 용맹정진을 마치고, “소가 되더라도 콧구멍 없는 소가 되어야 한다.”라는 말에 깨달음을 얻었다. 1889년 이후 1910년대까지 만우 상경(萬愚常經, 1855~1924)이 불화를 조성하고 전각을 중수하였다. 현대 들어 한국전쟁 중에 전소되었다가 1960년 이후 꾸준히 중건하였다. 절의 동학강원(東鶴講院, 현 동학사승가대학)은 운문사의 강원과 함께 대표적인 비구니 강원으로 유명하다. 가람은 대웅전·삼성각·조사전·육화료·염화실·강설전·화경헌·범종각·실상선원·동학강원 등으로 이루어져 있다. 산내 암자로는 관음암·길상암·문수암·미타암·귀명암·상원암 등이 있다. 성보문화재 가운데 1606년에 조성한 목조석가여래삼불좌상과 복장 전적 7종 8책이 보물로 지정되어 있다.