골굴사는 643년(신라 선덕여왕 12)에 광유(光有) 선사가 창건하였다고 전한다. 광유는 인도 출신으로 신라에 와서 임정사(林井寺, 경주 기림사)를 창건하고, 인도의 석굴사원 양식을 따라 골굴사를 지었다. 이후의 역사는 알 수 없고, 조선 후기에 정시한(丁時翰, 1625~1707)은 『산중일기』에서 “여러 채의 목조와가로 지은 전실(前室)을 연결하는 회랑이 있는데 단청을 한 석굴 절의 모습은 마치 한 폭의 병풍을 보는 것처럼 아름답다.”라고 하였다. 당시 절의 모습이 겸재 정선(鄭敾, 1676~1759)이 그린 『교남명승첩(嶠南名勝帖)』에 「경주 골굴석굴」이라는 제목의 그림으로 전한다. 석굴 전실 여러 채의 모습이 정시한의 말 그대로이다. 1750년대의 「해동지도(海東地圖)」에도 같은 모습으로 전한다. 언제인가부터 퇴락하여 개인 암자로 남아 있다가 1990년 이후 적운(寂雲)이 중창불사를 하여 오늘의 가람을 이루었다. 적운은 절을 선무도의 총본산으로 정착시켰다. 일주문에 이르는 길에 선무도의 품새를 취한 스님들의 조형물이 이채롭다. 특히 선무도를 중심으로 한 템플스테이는 큰 인기를 끌고 있다. 최근에는 열두 곳의 굴법당 복원 계획을 수립하고 매년 학술대회를 개최하여 절의 사격을 정립해 나가고 있다. 가람은 1990년부터 조성한 대적광전과 범종각, 보제루, 원효관, 선문화관, 오층석탑, 오륜탑, 그리고 열두 곳의 굴법당터로 구성되어 있다. 굴법당은 관음굴, 지장굴, 약사굴, 나한굴, 신중단, 칠성단, 산신당 등의 이름을 지녔다. 성보문화재로는 보물로 지정된 마애여래좌상이 있다. 이 불상은 높이 4m로 창건 당시 높은 암벽의 자연굴에 조성하였다고 한다. 그러나 양식으로 보면 9세기 후반의 특징을 지녔다. 민머리 위에는 상투 모양의 육계가 높이 솟아 있고, 얼굴의 윤곽은 뚜렷하나 눈과 입, 코는 작다. 신체 표현도 다소 평면적이다. 광배는 머리 부분은 연꽃무늬이고 몸체 부분은 불꽃무늬이다. 암벽이 석회암이라 결가부좌한 무릎 아랫부분은 많이 풍화되었다. 한편 절에는 여궁(女宮)과 남근 바위가 있어 득남의 영험설화가 전한다.