고운사는 통일신라 때인 681년(신문왕 1)에 의상 대사가 고운사(高雲寺)로 창건하였다고 전한다. 이후 최치원(崔致遠, 857~?)이 가운루(駕雲樓)와 우화루(羽化樓)를 건립한 이래 그의 자(字)를 따라 고운사(孤雲寺)로 바꾸었다고 한다. 최치원은 우리 역사의 큰 인물이지만, 출가자도 왕족도 아닌 그의 이름으로 절 이름을 삼았다는 이야기는 개연성이 부족하다. 현전하는 절의 가장 오래된 유물은 9세기 이후로 추정하는 석조여래좌상과 삼층석탑이다. 창건 당시에 조성하였을 것으로 추정한다. 1018년(고려 현종 9) 천우(天祐)가 대웅전과 약사전, 극락전 등을 중창하였다. 조선 초기인 1482년(성종 13)에는 안동 낙타사에서 석가여래상을 옮겨 와 봉안하였다. 조선 후기의 잦은 중건 과정을 거쳐 1729년(영조 5) 신유한(申維翰, 1681~1752)이 절의 사적비를 세웠다. 1744년(영조 20) 왕실의 어첩을 봉안하는 어첩봉안각(御帖奉安閣)을 건립하였다. 1835년(헌종 1) 화재로 소실된 대웅전과 금당을 중건하였다. 1912년 30본산의 하나로 지정되어 경상북도 내의 46개 말사를 관장하였다. 1934년에는 불교전문강원을 개설하였고, 안동과 의흥 등에 포교당을 두었다. 1962년 대한불교조계종의 교구본사가 되어 의성·안동·영주·봉화·상주 등의 57개 말사를 관할하고 있다. 가람은 대웅보전·극락전·약사전·명부전·나한전·삼성각·연수전 등의 전각과 요사 34동으로 이루어져 있다. 수행기관으로 고금당선원과 화엄승가대학원을 운영하며 수행과 교육에 힘쓰고 있다. 또한 화엄문화템플관, 사찰음식체험관, 노인요양원 등을 설립하여 포교에도 힘을 기울인다. 성보문화재는 보물로 석조여래좌상, 연수전이 있고, 가운루와 삼층석탑이 지방문화재로 지정되어 있다. 석조여래좌상은 대좌와 광배를 잘 갖추고 9세기 조성 당시의 원형을 잘 간직하고 있다. 연수전은 1744년에 건립한 어첩봉안각으로 1902년에 다시 지으면서 이름을 바꿨다. 사찰의 일반적인 전각과는 다르게 삼문을 세우고 담장을 둘렀다. 건물의 금단청과 벽화, 대한제국 황실을 상징하는 여러 도상들은 사찰에서는 보기 드문 사례이다.