갑사는 420년(백제 구이신왕 원년)에 계룡갑사라는 이름으로 창건하였다고 전한다. 679년(문무왕 19)에 의상 대사가 절을 중창하면서 이름을 갑사로 바꾸고 화엄도량으로 삼았다. 이후 신라 화엄십찰의 하나가 되었다. 통일신라의 역사는 전하지 않으나 이 시대의 당간지주가 지금도 전한다. 고려시대의 역사도 알수 없으나 산중에서 옮겨온 고려의 팔각원당형 부도가 남아 있다. 조선 초기에는 선종에 소속되어 여전히 법등을 유지하였고, 1424년(세종 6)에는 70명의 승도가 머물고 있었다. 1584년(선조 17)에는 동종을 조성하였는데 일제강점기 때 강제로 공출되었다가 무사히 제자리로 돌아왔다. 1597년(선조 30) 정유재란 때 전각 대부분이 소실되었다. 두 차례의 왜군 침략 당시 계룡산은 치열한 전장이었고, 갑사는 물론 산 중의 여러 사찰은 의승장 기허 영규를 비롯한 의승군의 주둔지였다. 1617년(광해군 9)에는 전각을 중수하고 소조석가여래삼불좌상 등을 새롭게 조성하였다. 1654년(효종 5)에는 사찰과 지역사회의 노력으로 대대적인 중창이 이루어졌다. 1730년(영조 6)에는 당대의 유명한 화사 의겸(儀謙)이 석가여래삼세불도를 조성하였다. 1738년(영조 14)에는 왜적을 물리친 공을 기리기 위해 나라에서 표충원(表忠院)을 건립하고, 서산 휴정·사명 유정·기허 영규의 삼화상을 추도하였다. 조선 후기까지 잦은 중수가 이어졌고, 1875년(고종 12)의 중건을 거쳐 오늘날에 이른다. 가람은 대웅전, 강당, 대적전, 천불전, 응향각, 진해당, 적묵당, 팔상전, 표충원, 삼성각, 종각, 요사 등으로 이루어져 있다. 성보문화재로는 국보 1점, 보물 9점(소조석가여래삼불좌상·사보살입상 복장전적 1건은 조계종 성보박물관 소장) 등이 있다. 국보 삼신불 괘불탱은 1650년(효종 원년)에 조성하였다. 거대한 크기(높이 12.47m, 폭 9.48m)의 괘불탱은 야외법회용으로 주로 수륙재 때 사용하였다. 왜군의 침략에 맞서 희생당한 의승군의 영혼을 위무하는 수륙재가 절에서 설행되었음을 보여 준다. 절에는 1459년(세조 5)에 판각한 『월인석보』 목판이 있다. 논산 쌍계사에서 옮겨 왔는데 『월인천강지곡』과 『석보상절』을 함께 판각한 국내 유일의 목판이다. 절은 현재 다양한 법회와 문화행사, 호국의승추모재, 전통산사문화재활용사업, 템플스테이 등을 통해 시민과 함께하고 있다.