자은종은 법상종(法相宗)의 다른 이름으로 중국 당나라의 인도 구법승 현장(玄奘, 602?~664)의 제자인 규기(窺基, 632~682)가 자은사(慈恩寺)에 주석한 데서 명칭이 유래했다. 통일신라시대에 유식(唯識) 교학의 이해가 심화되고 많은 주석서가 나왔으며, 고려시대에는 법상종이 화엄종(華嚴宗)과 함께 교종의 양대 종파를 이루었다. 자은종 명칭은 고려 말인 14세기 초에 사료에 처음 등장하며, 조선 세종 대에 여러 불교 종파가 선교양종(禪敎兩宗)으로 통합되면서 교종에 속하게 되었다. 삼국통일 후 신라에서는 화엄과 함께 유식 교학의 연구가 활발하여 원효(元曉, 617~686), 태현(太賢: 대현), 경흥(憬興), 도륜(道倫: 둔륜) 등이 다수의 관련 저술을 찬술했다. 또 신라 출신의 원측(圓測, 613~696)은 현장의 제자로서 중국 법상종의 주요 사상가로 활동했다. 고려시대에 유식학은 유가업(瑜伽業) 또는 유가종(瑜伽宗)으로 불렸으며 법상종으로 발전했다. 고려 법상종은 미륵신앙을 중시했으며, 숭교사(崇敎寺)가 목종의 원찰(願刹)이 되고 현화사(玄化寺)가 현종에 의해 창건되면서 주요 교단으로서 위상을 확보했다. 특히 금산사(金山寺)에 광교원(廣敎院)을 설립해 유식 관련 문헌을 간행한 소현(韶顯) 이후에는 대표적 문벌귀족 가문인 인주(仁州) 이씨(李氏)의 후원을 받아 세력을 키워 갔다. 그러나 무신 집권기를 거치며 중앙의 교종 세력이 침체를 거듭하면서 법상종 또한 크게 약화되었다. 한편 고려 전기에는 교종과 선종을 오교구산(五敎九山)이라고 통칭했고, 후기에는 오교양종(五敎兩宗)이라고 불렀다. 여기서 오교는 계율(戒律)·법상(法相)·법성(法性)·원융(圓融)·열반(涅槃)을 가리키는데 그에 대한 이견도 있다. 오교 가운데 하나였던 법상종은 고려 말기인 14세기 초에 자은종이라고 불리기 시작했고, 이는 조선 초기까지 이어졌다. 조선 태종 대에는 억불 정책이 본격적으로 시행되었는데, 1406년(태종 6)에 자은종을 비롯한 11개 종파 242개 사찰을 승정 체계 안에 넣고 해당 사찰의 토지와 노비의 수를 정했다. 그리고 이들을 제외한 나머지 사찰들의 사사전(寺社田)과 사사노비(寺社奴婢)는 속공했다. 당시 36개 사찰이 자은종에 속했다. 이듬해인 1407년에는 11개 종파를 7개로 축소했고, 앞서 지정한 242사 가운데 고려 이래의 자복사(資福寺) 88개를 명산대천의 사찰로 대체했다. 이때 자은종에는 승령 관음사(觀音寺), 양주 신혈사(神穴寺), 개령 사자사(獅子寺), 양근 백암사(白巖寺), 남포 성주사(聖住寺), 임주 보광사(普光寺), 의령 웅인사(熊仁寺), 하동 양경사(陽景寺), 능성 공림사(公林寺), 봉주 성불사(成佛寺), 여흥 신이사(神異寺), 김해 감로사(甘露寺), 선주 원흥사(原興寺), 함양 엄천사(嚴川寺), 수원 창성사(彰聖寺), 진주 법륜사(法輪寺), 광주(光州) 진국사(鎭國寺) 등의 17개 사찰이 기존의 자복사를 대신하여 지정 사찰이 되었다. 세종 때인 1424년(세종 6)에는 7개 종파가 다시 선종과 교종의 양종으로 통합되었다. 이 시기에 자은종은 화엄종·중신종(中神宗)·시흥종(始興宗)과 함께 교종에 속하게 되었다. 이와 함께 승정을 담당하던 승록사(僧錄司)가 폐지되고, 선종과 교종의 도회소(都會所)가 서울의 흥천사(興天寺)와 흥덕사(興德寺)에 두어졌다. 선종과 교종에는 18개씩 모두 36사가 국가 공인 지정 사찰이 되었고, 승려 수는 3,750명, 사전 7,900여 결이 인정되었다.