17세기 전반에는 경절문(徑截門), 원돈문(圓頓門), 염불문(念佛門)의 삼문(三門) 수행 체계가 정비되었다. 여기에는 선과 교와 함께 염불이 포함되었는데, 삼문의 원형은 청허 휴정(淸虛休靜, 1520~1604)이 제시하였다. 휴정은 간화선(看話禪)을 우위에 둔 선과 교의 겸수를 주장했는데, 선(경절문)과 교(원돈문)에 더하여 염불(염불문)을 추가한 것이다. 이는 선과 교는 물론 염불 등의 다양한 수행과 신앙 전통을 모두 계승해야 했던 당시의 시대 상황 때문이었다. 이 삼문 체계는 휴정의 제자 편양 언기(鞭羊彦機, 1581~1644)에 의해 이론적으로 정립되었다. 언기는 삼문을 격외(格外) 선풍의 간화선, 본래의 마음을 비추는 교학, 자성미타(自性彌陀)의 염불선(念佛禪) 수행으로 성격을 규정하였다. 또한 사람마다 근기가 다르고 그에 따른 방편이 다르지만 결국 불교의 가르침은 하나이며 선·교·염불 모두가 일심(一心)을 근원으로 하므로 같다고 보았다. 그는 원돈문에 대해 “근기가 낮은 하근기를 위해 의리(義理)를 세우고 언어로 이해하게 하는 교문”이라고 정의하였다. 또한 본래의 마음을 비추기 위한 입문으로서 교학의 필요성을 강조하였다. 구체적으로는 “원돈문 공부란 하나의 신령한 심성이 본래 청정하고 원래 번뇌가 없는 것임을 돌이켜서 비추어 보는 것이다. 만일 경계에 대해 분별하는 마음이 생길 때는 바로 그 분별심이 일어나기 전에 이 마음이 어디서 일어났는지를 끝까지 궁구해야 한다.”라고 기술하였다. 휴정의 제자 영월 청학(詠月淸學, 1570~1654)은 문자(교)보다 참구(선)를 중시하는 세태를 비판하면서 교학을 입문으로 한 점차적·단계적 수행의 필요성을 강조했다. 이는 간화선 일변도로 치우칠 것을 경계하며 삼문 가운데 원돈문을 중시한 사례이다. 한편 조선 후기의 삼문은 고려의 보조 지눌(普照知訥, 1158~1210)이 주창한 ‘성적등지문(惺寂等持門), 원돈신해문(圓頓信解門), 간화경절문(看話徑截門)’의 삼문이 정혜쌍수(定慧雙修)와 돈오점수(頓悟漸修)라는 선교 융합을 기조로 간화선 수행을 추구한 것과는 차이가 있다. 조선의 삼문은 간화선을 닦는 경절문에서는 동일하지만 원돈문은 교학 자체를 의미했고, 지눌의 삼문에 없는 염불문이 들어갔다. 삼문 체계는 이후 수행방식으로 확립되었는데, 18세기 후반 진허 팔관(振虛捌關, ?~1782)이 쓴 『삼문직지(三門直指)』(1769)에는 “경절문, 원돈문, 염불문의 삼문을 통해 심성을 바로 깨닫고 법계(法界)에 증득하여 들어가며 정토에 왕생한다. 삼문은 비록 각기 다르지만 그 요체는 같다.”라고 하여 삼문의 원리적 동일성이 강조되었다. 이처럼 조선 후기 삼문 체계는 선과 교의 근원적 일치와 선교겸수의 지향에서 출발하였고, 그 위에 염불에 대한 시대적 요청이 반영된 종합적 수행방안이었다.