17세기 전반에는 경절문(徑截門), 원돈문(圓頓門), 염불문(念佛門)의 삼문(三門) 수행 체계가 정립되었다. 이는 선과 교에 더하여 염불까지 수행 체계 안에 들어간 것으로 삼문을 처음 제시한 것은 청허 휴정(淸虛休靜, 1520~1604)이었다. 휴정은 간화선(看話禪)을 우위에 둔 선과 교의 겸수를 주장했는데, 선(경절문)과 교(원돈문)에 염불(염불문)을 추가하였다. 이는 선과 교, 염불 등의 다양한 수행과 신앙 전통을 모두 계승해야 했던 시대 상황을 반영한 것이다. 삼문을 이론적으로 체계화한 것은 휴정의 말년 제자 편양 언기(鞭羊彦機, 1581~1644)였다. 그는 경절문에 대해 “상근기를 위해 마음을 가리키는 격외(格外) 선풍의 선문”, 원돈문은 “하근기를 위해 의리를 세워 언어로 이해하게 하는 교문”, 염불문은 “서방정토를 떠올리는 염불법으로 자신의 마음이 부처이며 자신의 본성이 바로 아미타”라고 정의했다. 또 사람마다 근기가 다르고 그에 따른 방편이 다르지만 선·교·염불 모두가 일심(一心)을 근원으로 하므로 같다고 보았다. 휴정은 “참선과 염불은 마음을 닦고 깨달음을 얻을 수 있다는 점에서 같다.”라고 하는 한편 염불신앙을 통한 극락정토로의 왕생의 길을 용인하였다. 이어 언기는 염불문 공부에 대해 “일상의 모든 행동에서 항상 서방을 향하여 아미타 부처님을 바라보듯 떠올리면서 마음속에서 잊지 않는 것이다. 그렇게 하면 목숨을 마칠 때에 아미타불이 최상의 연화대에서 영접할 것이다.”라고 기술하였다. 이처럼 조선 후기 염불문은 자력 수행으로서의 염불선과 서방정토를 염원하는 타력적 염불신앙이 결합되며 대중적으로 확산되어 갔다. 조선 후기의 삼문은 고려시대 보조 지눌(普照知訥, 1158~1210)이 주창한 ‘성적등지문(惺寂等持門), 원돈신해문(圓頓信解門), 간화경절문(看話徑截門)’의 삼문과는 내용이나 성격이 달랐다. 지눌은 정혜쌍수(定慧雙修)와 돈오점수(頓悟漸修)의 선교 융합을 기조로 하여 간화선 수행을 추구했다. 이에 비해 조선 후기 삼문은 간화선을 닦는 경절문에서는 동일하지만 원돈문은 교학 자체를 의미했고, 지눌의 삼문에는 없는 염불문이 들어간 점에서 차이가 있다. 삼문 체계는 수행방식으로 확고히 자리를 잡았는데, 18세기 후반 진허 팔관(振虛捌關)의 『삼문직지(三門直指)』(1769)에서는 “경절문, 원돈문, 염불문의 삼문을 통해 심성을 바로 깨닫고 법계(法界)에 증득하여 들어가며 정토에 왕생한다. 삼문은 비록 각각 다르지만 그 요체는 같다.”라고 하여 삼문이 근원적으로 같음이 강조되었다. 특히 염불문은 수행과 신앙의 수요를 크게 확대해 가면서 염불을 통한 깨달음과 정토로의 길은 누구에게나 열려 있게 되었다.