17세기 전반에는 승려 교육과정인 이력과정이 확립되었다. 청허 휴정(淸虛休靜, 1520~1604)의 제자 영월 청학(詠月淸學, 1570~1654)의 「사집사교전등염송화엄」이라는 글에서 그 편제가 가장 먼저 확인된다. 그에 따르면 이력과정은 사집과(四集科), 사교과(四敎科), 그리고 『전등록(傳燈錄)』·『선문염송(禪門拈頌)』·『화엄경(華嚴經)』으로 구성된 대교과(大敎科)의 순서로 되어 있다. 이때 사교과에 들어간 책들은 『금강경(金剛經)』, 『능엄경(楞嚴經)』, 『원각경(圓覺經)』, 『법화경(法華經)』이었는데, 선종과 교종을 구분하지 않고 중국이나 한국에서 매우 중시된 경전들이다. 『금강경』, 『능엄경』, 『원각경』은 마음의 문제를 다루고 있어 선종에 이론적 토대를 제공했을 뿐 아니라 선교일치의 근거가 되었다. 『금강경』은 중국 선종의 남종선(南宗禪)을 일으킨 육조 혜능(六祖慧能, 638~713)과 고려의 보조 지눌(普照知訥, 1158~1210) 등이 매우 중시했고, 『능엄경』은 선종이 주류가 된 송대 이후 더 큰 주목을 받았다. 『원각경』은 원각심(圓覺心)을 주제로 한 경전으로 종밀(宗密)이 방대한 주석서를 남기기도 했다. 『법화경』은 천태학(天台學)의 소의경전으로서 신라 이후 성행하였고, 조선시대에도 수륙재(水陸齋) 같은 불교 의례와 신앙에서 활용되면서 가장 많이 간행된 경전이었다. 그런데 18세기 이후 사교과에는 『법화경』 대신 『대승기신론(大乘起信論)』이 들어갔다. 『대승기신론』은 일심(一心)의 구조를 체계적으로 밝힌 분석적 논서로서 동아시아 불교 사상의 전개에 큰 영향을 미쳤다. 사교과에 『기신론』이 들어가게 된 것은 17세기 말 중국 가흥대장경본 『대승기신론소필삭기(大乘起信論疏筆削記)』가 조선에서 널리 유통된 사실에서 일차 원인을 찾을 수 있다. 『필삭기』는 당의 규봉 종밀(圭峰宗密, 780~841)이 쓴 『기신론소』를 기반으로 송의 장수 자선(長水子璿, 965~1038)이 가감하여 해석을 붙인 책이다. 『기신론』은 사교과의 다른 경전들과 함께 마음의 본질과 구조를 밝히고 본체와 작용을 해명하는 데 도움이 되었고 교학에 대한 이해 심화, 선과 교의 융합 추구에 기여했다. 이력과정의 구성과 내용은 종밀에서 지눌로 이어지는 선교겸수의 전통과 고려 말 이후 대세가 된 간화선풍의 결합 양상을 잘 보여 준다. 이러한 특징은 사집과의 구성에서 분명히 알 수 있으며, 사교과 또한 선종과 교종에서 모두 중시된 마음을 다룬 경전이 중심이었다. 대교과는 교학의 대표인 화엄과 선의 기풍 및 역사를 보여 주는 책으로 이루어졌는데, 조선 전기 승과(僧科) 시험의 교재이기도 했다. 이처럼 선교겸수와 화엄 및 간화선이 한데 묶인 것은 보조 지눌의 사상적 영향력을 확인할 수 있는 대목이다. 또한 간화선 우위의 선교겸수는 휴정이 제시한 수행 방향과도 일치한다. 1630년에는 편양파의 조사 편양 언기(鞭羊彦機, 1581~1644)가 스승 휴정의 문집 『청허당집(淸虛堂集)』을 경기도 용복사(龍腹寺)에서 새로 펴냈다. 이후 5~6년에 걸쳐 이력과정의 책들을 대규모로 간행하여 전국에 배포했다. 17세기에는 청허계(淸虛系)와 부휴계(浮休系) 모두에서 이력과정이 수용되었고 18~19세기에 학승들이 강원(講院)에서 사집과, 사교과, 대교과의 경론을 순차적으로 배우는 모습이 일상화된다. 강학(講學)으로 정착한 이력과정은 근현대기까지 지속적으로 이어지며 전통의 계승에 크게 이바지했다.