조선 태종 대인 1406년(태종 6)에 11개 종파 242개 사찰을 승정 체제 안에서 관리하고 보유 토지와 노비 수를 정하였다. 도문종(道門宗)은 조계종(曹溪宗)·천태소자종(天台疏字宗)·천태법사종(天台法事宗)·화엄종(華嚴宗)·자은종(慈恩宗)·중도종(中道宗)·신인종(神印宗)·시흥종(始興宗)·총지종(摠持宗)·남산종(南山宗)과 함께 11개 종파 가운데 하나였는데, 화엄종과 도문종에는 43개 사찰이 배정되었다. 이듬해에는 11개 종파를 7개로 다시 줄였고, 242사 가운데 읍치에 있는 자복사(資福寺) 88개를 명산의 큰 사찰로 대체했다. 당시 도문종은 화엄종에 편입되었는데 화엄종 소속으로 새로 지정된 사찰은 11사로서 장흥 금장사(金藏寺), 밀양 엄광사(嚴光寺), 원주 법천사(法泉寺), 청주 원흥사(原興寺), 의창 웅신사(熊神寺), 강화 전향사(栴香寺), 양주 성불사(成佛寺), 안변 비사사(毗沙寺), 순천 향림사(香林寺), 청도 칠엽사(七葉寺), 신령 공덕사(功德寺)였다. 이후 세종 대인 1424년(세종 6)에는 7개 종파가 선종과 교종의 양종으로 통폐합되었다. 조계종, 천태종, 총남종(摠南宗)이 합쳐져 선종이 되었고 화엄종은 자은종, 시흥종, 중신종(中神宗)과 함께 교종이 되었다. 도문종은 태종 대 이전에는 문헌 자료나 금석문 등에서 명칭이 확인되지 않으며, 종파의 특성과 교리에 대해서도 정확히 알 수 없다. 다만 11세기 후반 대각국사(大覺國師) 의천(義天, 1055~1101) 관련 기록에서 계율(戒律)·법상(法相)·법성(法性)·원융(圓融)·열반(涅槃)의 5교가 나오는데, 그 가운데 중관(中觀) 계통인 법성이나 화엄학을 의미하는 원융과 가장 친연성이 있다고 보인다. 특히 태종 대에 7개 종파로 축소될 때 도문종이 화엄종에 편입된 사실에서 화엄과 가장 가까운 교종 종파였을 것으로 추정된다.