일제는 1910년 8월 29일 한국을 강제로 병합한 후 한국불교를 직접 통제하고 관리하는 방향으로 정책 기조를 설정했다. 1911년 6월 3일에 「사찰령」을 반포하고 7월 8일에 「시행규칙」을 제정하여 9월 1일부터 시행했다. 사찰령에서는 사찰의 병합·이전·폐사를 조선 총독의 허가사항으로 했고 전법 및 포교와 관련된 종교적 용도 이외에는 사찰 공간의 사용을 금했다. 또 토지와 건물 및 문화재의 처분과 사법(寺法) 제정도 총독의 인가를 얻게 했다. 사찰 재산의 관리와 운영 책임은 해당 사찰 주지에게 있었지만, 본사 주지의 임명은 총독의 인가가 필요했고 말사 주지의 임용 또한 지방 장관의 추인을 받도록 했다. 이는 전국 모든 사찰의 재정권과 인사권을 조선 총독이 장악하게 한 것으로 불교계의 자율성과 독립성을 가로막고 중앙집권화를 원천적으로 차단한 조치였다. 사찰령의 명분으로 내세운 것은 “조선불교의 발전을 도모한다.”였지만 실제로는 안정적인 식민 통치를 위해 불교계를 관리하고 통제하기 위한 것이었다. 사찰령은 1898년 일본 문부성에서 제국의회에 제출한 종교법안에 기초하여 작성되었는데, 일본에서는 정교분리 및 종교의 자유라는 헌법 원칙에 위배된다는 이유로 법안이 통과되지 못했었다. 1912년에 조선총독부는 ‘조선불교 선교양종’이라고 종명을 정하고 30본사와 그 말사를 지정해 30본산을 출범시켰다. 사찰령과 본산 체제는 불교계가 정치권력에 종속되는 정교일치적 색채를 강하게 띠었다. 당시 총독부 정무총감이 각도 장관에게 보낸 공문에는 “지방에서 유언비어가 돌며 사찰령이 조선 사찰의 권리를 빼앗아 승려를 박멸하려는 것이라고 의구심을 가지는 자도 있다.”라고 하여, 사찰령에 대한 반발이 일었음을 볼 수 있다. 이후 사찰령 체제는 한국불교의 자주성과 자율성을 크게 침해하며 총독부 당국에 의해 불교계가 좌지우지되는 결과를 낳았다.