근대기에 불교계는 문명개화와 불교 현대화를 위해 노력했는데, 승려교육은 초미의 관심사였다. 근대적 교육사업을 위한 중앙 교육기관의 설립이 추진된 결과 1906년 5월 서울 동대문 밖에 있던 원흥사(元興寺)에 명진학교가 세워졌다. 최초의 근대식 불교 교육기관인 명진학교는 전국 사찰에서 승려 학생들을 선발하여 불교와 함께 신학문을 가르쳤다. 초대 교장은 이보담(李寶潭)이었는데 그는 서울 봉원사(奉元寺)의 이동인(李東仁)으로부터 개화사상을 전해 받았고, 1906년 2월에는 홍월초(洪月初)와 함께 불교연구회(佛敎硏究會)를 만들기도 했다. 명진학교는 1910년 4월 불교사범학교(佛敎師範學校)로 이름을 바꾸었고, 1914년 7월 30본산 주지회의의 결의에 따라 불교고등강숙(佛敎高等講塾)으로 개칭했다. 이어 1915년에는 중앙학림(中央學林)으로 교명을 변경하면서 북관묘(北關廟)가 있던 현재의 종로구 명륜동으로 이전했다. 1919년 3.1운동 때는 중앙학림의 학생들이 만해 한용운(韓龍雲)을 도와 만세 운동에 적극적으로 가담했고, 1922년 9월 당국에 의해 학교가 강제 폐교되었다. 이후 1928년 3월에 불교전수학교(佛敎專修學校)로 다시 개교했고, 1930년 중앙불교전문학교(中央佛敎專門學校)로 승격되었다. 1940년 6월에는 혜화전문학교(惠化專門學校)로 교명을 개칭하고 불교과(佛敎科) 외에 흥아과(興亞科)를 신설했으나 1944년 5월에 다시 폐교되었다. 해방 직후인 1945년 9월에 다시 개교했고, 이듬해 9월에는 동국대학으로 개편하고 전문부 외에 문학부를 신설하여 불교학과·국어국문학과·영어영문학과·사학과로 편성했다. 1947년에는 정치학과와 경제학과가 속한 정경학부가 만들어졌고, 1949년에는 정경학부에 법학과가 추가되었다. 1950년에는 전문부를 폐지했고, 이듬해에 임학과가 생겼다. 1953년 2월 종합대학인 동국대학교로 승격되었고, 초대 총장으로 권상로(權相老)가 취임했다. 당시 불교대학·문과대학·법정대학·농림대학의 4개 단과대학에 10개 학과였고 대학원이 만들어졌다.