신라 태현(太賢, ?∼?)이 현장(玄奘, 602∼664)이 한역한 『약사유리광여래본원공덕경(藥師瑠璃光如來本願功德經)』을 풀이한 주석서이다. 『본원약사경』은 이 경을 줄인 이름이다. 『속장경』 제1편 35투 2책 수록본을 저본으로 『신수대장경』 제38권 수록본과 대조, 교감하여 『한국불교전서』에 수록하였다. 이 책은 상·하 두 권으로 크게 세 부분으로 나누었는데, 제목을 풀이하고, 이 경이 어떤 가르침에 속하는가를 분별하였으며, 본문을 풀이하였다. 첫 번째, 제목을 풀이함에 이 경은 첫째 『약사유리광본원공덕경』이고, 둘째 『십이신장요익유정결원신주경(十二神將饒益有情結願神呪經)』이며, 셋째는 『발제일체업장경(跋除一切業障經)』 등이 있는데, 현장이 한역한 경전을 모본으로 풀이하였다. 모든 고통을 제거하고 널리 중생에게 편안함을 주는 부처님인 약사여래의 본원(本願)과 공덕에 관한 해석이 제목의 뜻이라 하였다. 이 경의 종지는 여래의 인과이고, 대의는 중생이 약사여래에게 귀의하여 괴로움에서 벗어나도록 하는 데 있다고 풀이하였다. 두 번째, 이 경의 가르침이 어디에 속하는가를 밝혔는데, 남지사(南地師)의 교판(敎判)은 단박에 깨침[頓], 서서히 깨달음[漸], 일정하게 정해진 틀이 없음[偏方不定敎]으로 나누었는데, 『약사경』은 그 셋째에 해당한다고 하였다. 그러나 교설은 만수실리보살(曼殊室利菩薩)에게 직접 대승인과의 덕을 설했기 때문에 돈교에 속한다고 하였다. 또한 약사정토를 바로 드러내어 설했기 때문에 요의대승(了義大乘)에 속한다고 풀이하였다. 즉 태현은 고통받는 중생을 구제하는 것이 대승의 궁극적인 목표라고 밝힌 것이다. 이러한 태현의 보살 정신은 신라불교의 실천적 전통을 나타낸 것으로 볼 수 있다. 세 번째, 본문을 풀이하는데 세 부분으로 나누었다. 첫째 경의 서설 부분[經因起分], 둘째 문답을 통하여 대의를 널리 설명하는 부분[對問廣說分], 셋째 약사여래의 이름을 듣고, 기쁘게 받들어 실행하는 부분[聞名喜行分] 등이다. 약사여래가 자신의 광명으로 모든 중생이 고통에서 벗어나기를 기원한 12대원(大願)에 대해 각각 원의 뜻을 풀이하고, 총체적으로 중생을 이롭게 하는 것[饒益有情]과 위없는 깨달음을 얻는 것[證無上道]이라고 결론지었다. 아울러 이 경을 읽을 때 얻는 공덕 가운데 국토가 태평해짐에 대해 주목하였다. 태현은 『유가론(瑜伽論)』 등 유식 관계 문헌과 『대지도론(大智度論)』 등 반야부(般若部) 계통의 문헌, 『범망경(梵網經)』 등 계율 관련 문헌 등 다양한 대승불교 문헌을 두루 인용하고 있다. 이 책은 신라의 약사신앙과 대승불교의 문화 및 신앙 연구에 도움을 주며, 특히 태현의 사상과 교학과 신라의 대승 교학 연구에 풍부한 자료를 제공하는 중요한 문헌이다.