통일신라 원효(元曉, 617~686)가 『대승기신론』을 풀이한 『기신론소(起信論疏)』의 체재를 따라 해당 부분에 『별기(別記)』의 문장을 회본(會本)해서 엮은 주석서이다. 1899년(광서 25) 중국 난징(南京) 금릉각경처(金陵刻經處)에서 발행한 목판본 6권 2책이 백련암에 소장되어 있다. 이 책의 구성과 내용은 『기신론소』와 크게 다르지 않다. 다만 『기신론소』는 전문이 회본에 포함되었고, 『기신론소』의 해당 부분에 『별기』의 내용을 합본하는 형식을 취하기 때문에 『별기』의 내용을 전부 그대로 반영하지는 않았다. 회본에서 『별기』의 내용이 추가된 부분은 『기신론소』의 문장과 『별기』의 문장에 차이가 있다고 판단된 부분, 그리고 『기신론소』에서 『별기』에 자세한 설명을 미룬 부분 등이다. 그러나 『별기』의 전문이 회본에 포함된 것은 아니며, 편집자의 입장에 따라 『별기』의 문장이 삭제된 경우가 적지 않다. 경우에 따라서는 『별기』와 『기신론소』의 입장이 다름에도 불구하고 『별기』의 해당 문장이 삭제된 경우 역시 존재한다. 회본이라고 하더라도, 회본한 편집자의 입장이 강하게 반영되어 있어서 부분적으로는 저자인 원효의 본래 의도를 제대로 드러내지 못한 부분들이 존재한다. 『기신론』에 대한 원효의 주석 중에 『기신론소』가 최종적인 입장이라고 할 수 있다. 따라서 원효의 『기신론』에 대한 관점은 『기신론소』의 관점을 우선적으로 채용하고, 『기신론소』에서 『별기』 등에 미룬 부분에 한정하여 『별기』 등의 문장을 채용하는 것이 『기신론소』와 『별기』를 회본하는 정당한 관점일 것이다. 그러나 『회본』에는 그러한 관점의 같고 다른 부분이 드러나지 않는다. 이 책은 원효 『기신론』의 두 가지 주석을 합쳐서 엮은 책으로 후대 『기신론』 해석에 큰 영향을 끼쳤다. 신라의 교학과 사상 연구에 중요한 자료이다.