『대승기신론(大乘起信論)』에 대해 주석한 대표적인 논서이다. 총 10권으로 이루어져 있다. 용수(龍樹)보살이 짓고 요진삼장(姚秦三藏) 벌제마다(筏提摩多)가 번역했다고 전한다. 하지만 일찍이 저작의 진위 문제가 제기되었고, 성립 시기 역시 용수 사후(死後)인 8세기 무렵으로 간주된다. 현재 알 수 있는 『석마하연론(釋摩訶衍論)』 저자 문제의 발단은 779년 일본에 이 책이 전해지면서부터이다. 일본승 가이묘(戒明)가 당(唐)에서 돌아오면서 『석마하연론』도 가져오는데, 이것을 본 오우미노 미후네(淡海三船, 722~785)는 용수의 저술이 아니라고 주장한다. 이를 계기로 구카이(空海, 774~835) 등은 진찬설을 제기했고, 도쿠이츠(德一, 749~824?) 등은 위찬설을 역설한다. 하지만 『석마하연론』 내에 인(仁)·의(義)·예(禮)·지(智)와 같은 중국 사상이 나타나고 있어 현재는 대체로 용수의 저술이 아니라고 간주한다. 특히 주목되는 점은 안넨(安然, 841~899?)이 『실담장(悉曇藏)』 등에서 스승 엔닌(圓仁, 794~864)의 말을 빌려 “대안사(大安寺) 신라승 진총(珍聰)이 말하길 ‘신라국 대공산(大空山) 월충(月忠)이 위작한 것’이라 하였다.”라고 전한다는 것이다. (일부 기록에서는 ‘신라국 중조산(中朝山) 월충’이라고 쓰고 있다.) 이를 근거로 신라 찬술 문헌일 가능성도 검토되고 있다. 찬술 시기에 관해서는 대체로 현수 법장(賢首法藏, 643~712) 입적 이후에서 가이묘의 일본 귀국(779) 이전 사이로 본다. 『석마하연론』은 『기신론』을 해설한 책이기 때문에, 법장의 『대승기신론의기』와 밀접한 관련성을 갖는다. 특히 『석마하연론』은 『능가경』을 비롯해 여러 가공 경전을 인용하고 있으며, 실존하는 경전을 가져왔더라도 실제 경문과 다르게 인용하는 문장들도 있다. 법장은 글을 서술할 때 간혹 뜻에 따라 경문을 달리 끌어오기도 하는데[取義], 『대승기신론의기』에서 취의한 『능가경』 문장이 『석마하연론』과 일치하는 경우도 있다. 이뿐만 아니라 『석마하연론』 안에서 『연기경』을 거론하는데 이것은 7세기 중엽 현장(玄奘, 602?~664)이 한역한 것이다. 그래서 『석마하연론』이 이보다 후에 만들어졌음을 알 수 있다. 이를 종합해 현재는 『석마하연론』을 법장 입적 이후의 저술로 본다. 즉 712년에서 779년 사이에 찬술되었을 것으로 생각된다. 『석마하연론』은 『기신론』을 주석한 논서로서 세밀한 과단(科段)과 함께 설명을 전개한다. 특히 여래장(如來藏)·아리야식(阿梨耶識)·말나식(末那識)·본각(本覺) 등 주요한 용어는 10가지 명칭을 열거하며 논의한다는 특징이 있다. 그리고 본문 안에 측천(則天) 문자와 유사한 글자들이 있고, 신주(神呪)가 제시되는 것으로 볼 때 밀교의 영향도 받았음을 확인할 수 있다. 이 외에도 원효(元曉, 617~686)가 쓴 『금강삼매경론(金剛三昧經論)』의 입장을 따르기도 하며, 말나식에 대해서도 원효의 『기신론』 해석을 수용한다. 『석마하연론』을 해설한 주석서로는 성법(聖法)의 『석마하연론기(釋摩訶衍論記)』·법민(法敏)의 『석마하연론소(釋摩訶衍論疏)』·구카이의 『석마하연론지사(釋摩訶衍論指事)』 등이 있다. 특히 구카이가 『석마하연론』을 중요하게 여김에 따라, 일본의 진언종(眞言宗) 승려들이 이 책을 많이 인용하고 해설하였다.