군대 내에서 장병들의 신행 생활을 돕고, 정신 전력을 강화하고자 설치한 병과(兵科)이다. 군종장교들은 성직자로서 각 종교를 대표하고, 종교 지도자의 임무를 담당하며, 각 종교의 관례에 따라 업무를 집행한다. 군종장교들은 소속 종교에 따라서 불교·원불교는 군법사, 천주교는 군종신부, 개신교는 군목 등으로 부르고, 각기 업무 집행 규칙을 따른다. 법회, 예배, 미사 등 정기 의식과 수계식, 성찬식, 영세식 등 특별 의식을 집행하기도 한다. 한국 군종제도의 시원으로는 신라의 화랑제도와 조선의 승병 활동을 들고 있지만, 현행 군종 제도는 과거 전통과 무관하게 미군의 기독교적 군종제도를 도입하여 시행하고 있다. 육군의 경우에는 1951년 육군본부 인사국 안에 군승과(軍僧課)를 설치하였는데, 1952년 군목과(軍牧科)로 이름을 바꾸고, 1954년에는 군목과를 군종감실(軍宗監室)로 승격하였다. 해군은 1950년 12월에 독자적으로 군목실을 두고, 공군은 1952년 6월에 군종제도를 창설하였다. 군종 업무는 일반적으로 종교 활동, 교육 활동, 선도 활동의 세 부분으로 나뉜다. 첫째, 종교 활동은 장병들에게 신앙적 욕구를 충족시킴으로써 정신 전력을 강화하여 생사관과 국가관을 확립하는 것이다. 둘째, 교육 활동은 군인과 민주 시민으로서의 성숙한 인격을 갖추게 하는 인격 지도와 신앙의 이론과 실천을 터득하게 하는 종교적인 교육을 말한다. 셋째, 선도 활동은 장병들의 군대 생활에 대한 적응력을 높이고 복무 의욕을 고취하는 일이다. 불교의 경우에는 1950년대와 1960년대에는 군종 활동이 미미한 상태였다. 그러나 베트남 파병에 따라 군에서 불교 활동의 필요성이 인식되었고, 불교 종단 측에서도 강력히 요청하여 1968년에 군법사(軍法師) 제도가 추가되었다. 또한 1970년대에 들어서면서 전군의 신자화 운동을 전개하였고, 1978년에는 예비군 군종 담당관 제도를 신설하였다. 2014년에는 비구니 스님이 최초로 군법사에 임용되는 등 새로운 기운이 일어나고 있다.