중생이 가진 마음이 본래부터 번뇌에 오염되지 않고, 본질적으로 청정하여 밝고 맑게 빛나는 것을 가리킨다. 번뇌는 우연적으로 마음과 결합해 마음을 오염시키고 있을 뿐[客塵煩惱染], 마음의 본래적인 요소가 아닌 것으로 간주된다. 부파불교 중에서도, 대부분의 부파에서는 본질적으로 마음이 업과 번뇌에 물들어 있다고 주장하지만, 대중부 계통에서는 마음의 본성은 청정하다는 사상이 나타난다. 자성청정심 사상은 대승불교에서 적극적으로 선양된다. 대승불교에서 자성청정심 사상은 마음의 본성도 공이라고 간주한 『반야경』에서도 나타난다. 하지만 본격적으로 마음의 청정성을 강조한 것은 여래장 사상이다. 여래장 사상은 법신이 번뇌에 싸여 육도(六道)에 윤회하는 것을 중생이라 하고 다시 그것을 여래장이라 하여, 중생의 본질을 청정한 법신이라고 간주한다. 여래장 사상의 대표 경전인 『승만경(勝鬘經)』에서는 자성청정심은 알기 어렵고, 바로 그 마음이 번뇌에 오염된다는 사실도 알기 어려운 일이라고 강조하였다. 여래장 사상을 이론적으로 완성한 『보성론(寶性論)』에서는 여래장이 곧 자성청정심이라고 하였다. 동아시아 불교에서는 『대승기신론(大乘起信論)』이 중생심을 법신, 여래장과 동일시함으로써 자성청정심 사상을 고양하는 데 가장 큰 역할을 하였다. 대승불교 가운데서도 유가행파는 알라야식이 기본적으로 업과 번뇌의 종자로 이루어져 있다고 본다. 하지만 본래부터 무루(無漏)의 종자가 있는지 없는지는 논란의 여지가 있다. 초기에는 알라야식에는 본래 무루 종자의 존재를 인정하지 않고, 법계로부터 흘러나온 교법을 청문하는 문훈습(聞熏習)을 통해 훈습된다고 하였다. 따라서 본래부터 무루의 종자가 알라야식에 존재한다는 사상은 다소 후대에 나타난 것으로 인정된다. 자성청정심 사상은 중생이 본래 가진 마음의 긍정적 측면을 적극적으로 인정함으로써 성불의 가능성을 밝혀 주는 사상이다.