여래청정선(如來淸淨禪), 최상승선(最上乘禪)이라고도 한다. 『능가아발다라보경(楞伽阿跋多羅寶經)』에서는 소승과 대승의 여러 선법 가운데 여래청정선, 즉 여래선을 최상의 선법이라고 하였다. 당나라 때 규봉 종밀(圭峰宗密, 780~841) 선사는 『선원제전집도서(禪源諸詮集都序)』에서 선을 다섯 가지로 분류하였다. 첫째, 외도선(外道禪)으로 천상을 좋아하고 땅 밑의 지옥을 싫어하여 선정을 닦는 선이다. 둘째, 범부선(凡夫禪)으로 바르게 인과를 믿으나 싫어하고 차별된 마음으로 선정을 닦는 선이다. 셋째, 소승선(小乘禪)으로 아공(我空)만을 깨달아 진(眞)에 치우친 이치로 선정을 닦는 선이다. 넷째, 대승선(大乘禪)으로 아공과 법공(法空)을 깨달아 드러난 진리로서 선정을 닦는 선이다. 다섯째, 자기의 마음이 본래 청정하여 번뇌 없는 무루지(無漏智)의 성품을 구족하고 있음을 돈오하는 선이다. 이에 의지하여 선정을 닦는 것이 최상승선이며, 여래청정선이며, 일행삼매(一行三昧)이며, 진여삼매(眞如三昧)이다. 이처럼 여러 선 가운데 가장 뛰어난 선법을 여래선이라고 하였다. 그러나 『조당집(祖堂集)』 「향엄화상(香嚴和尙)」에서는 향엄과 앙산(仰山) 스님의 대화가 등장하는데, 여기서 여래선과 조사선의 개념이 다르게 사용되었다. 향엄은 “작년의 가난함은 가난함이 아니요/금년의 가난함이 참으로 가난함이라./작년에는 송곳도 세울 자리가 없더니/금년에는 송곳마저 없도다.”라고 하였고, 이에 대해 앙산은 “사형께서는 여래선은 알고 계시지만, 조사선은 아직 모르시는군요.”라고 말했다. 후대의 임제종 중심의 계열에서는 이러한 향엄과 앙산의 대화에 의거해 조사선을 여래선보다 높은 경지로 이해하는 경향이 두드러지게 되었다. 이때 여래선은 조사선보다 못한 선, 아직 교리적 이해가 남아 있는 의리선(義理禪)의 의미로 이해되었다. 또한 조선 말기인 1800년대 초에 이르러 백파 긍선(白坡亘璇, 1767~1852)과 초의 의순(草衣意恂, 1786~1866) 사이에 선 논쟁이 일어났다. 백파는 『선문수경(禪文手鏡)』에서 의리선·여래선·조사선의 삼종선(三種禪)을 주장하였다. 이에 대해 초의는 『선문사변만어(禪門四辯漫語)』를 통해 의리선은 여래선이며, 조사선은 격외선(格外禪)이라는 이종선(二種禪)을 주장하였다. 백파는 여래선을 조사선보다 낮은 근기의 선으로 보았고, 초의는 의리선을 여래선이라고 주장하면서 선의 개념에 대한 논쟁이 일어나기도 하였다.