선악의 행위[業]가 알라야식에 저장된 것을 가리킨다. 유식학에 따르면 생각하고 말하고 행동하는 모든 것이 마음 깊은 곳에 있는 알라야식에 흔적을 남기는데, 이 흔적을 ‘종자’라고 한다. ‘종자’는 또 다른 행위를 일으키는 잠재력 곧 에너지로, 식물의 씨앗이 땅속에서 발아하는 것처럼 알라야식에 저장되어 있다가 인연이 무르익으면 다른 형태로 나타난다. 업종자는 종자를 그 성질에 따라서 크게 두 가지로 나눈 것 중 하나로, 나머지 한 가지는 명언종자(名言種子)이다. 업종자는 결과가 원인과 다르게[異] 성숙하는[熟] 경우, 그러한 결과를 초래하는 원인을 이숙종자(異熟種子)라고도 한다. 즉 원인은 선이거나 악이지만 결과는 선도 아니고 악도 아닌 무기(無記)로 나타나기 때문에 이숙종자라고 한다. 어떤 사람이 윤회하여 다시 태어났다고 할 때 타고난 몸, 즉 신체는 그 성질이 선도 아니고 악도 아닌 무기이다. 이러한 무기의 신체로 태어나게 한 선업과 악업의 ‘종자’가 ‘업종자’에 해당한다. 한편 명언종자는 우리가 언어를 통해 말하는 작용이 알라야식에 저장되어 있는 것을 말한다. 원인과 동등한 결과[等流]를 낳는 종자이기 때문에 등류종자(等流種子)라고 한다. 즉 선한 원인은 선한 결과를, 악한 원인은 악한 결과를, 무기인 원인은 무기의 결과를 낳는 경우 그러한 결과를 초래하는 원인을 등류종자라고 한다.