근본이 되는 주존(主尊)이라는 뜻이다. 정토종의 아미타불, 화엄종의 비로자나불, 밀교의 대일여래 등이 모두 본존이라고 할 수 있다. 또 밀교에서는 수법(修法)에 따라서 대일여래, 관세음보살, 금강살타 등의 여러 존자 가운데 하나를 본존으로 삼는다. 이런 의미에서 신앙, 예배, 수법 등의 대상이 되는 불·보살·명왕·제천(諸天)이 모두 본존이 될 수 있다. 더 나아가서 각 법당이나 절에서 모시는 여러 존자의 상 가운데 가장 중요한 신앙 대상으로 삼는 존자의 상을 본존이라고 한다. 각 법당이나 절의 본존은 그 창립 목적과 원주(願主)에 의해 정해지기 때문에 일정하지 않다. 일반적으로 정토종 사원에서는 아미타불을, 밀교 사원에서는 대일여래를 본존으로 삼는다. 『양고승전(梁高僧傳)』에 따르면, 여산(廬山)의 혜원(慧遠)은 402년 123명의 도반과 함께 여산 북쪽 반야대정사(般若臺精舍)에 아미타불 불상을 봉안하고 서방정토에 왕생하기를 서원하며 정토결사에 들어갔는데, 이는 중국에서 아미타불을 본존으로 봉안한 최초의 기록이다. 본존을 봉안한 법당을 본당(本堂)이라 하고, 본존의 칭호에 따라 아미타당(阿彌陀堂)‧약사당(藥師堂) 등으로 부른다. 우리나라 절에서는 석가보니불을 본존으로 모신 불전을 대웅전이라고 하고, 비로자나불을 본존으로 모신 불전을 대적광전이라고 하며, 아미타불을 본존으로 모신 불전을 극락전이라고 한다.