사종연기(四種緣起) 가운데 하나로 아뢰야연기(阿賴耶緣起), 유식연기(唯識緣起)라고도 한다. 뇌야는 아뢰야의 줄임말이며, 아뢰야는 산스크리트어 알라야(ālaya)의 음역이다. 장(藏)이라고 의역하며, 종자라는 뜻이다. 아뢰야식은 8식 또는 9식 가운데 하나로서 제8식, 무몰식(無沒識), 본식(本識), 장식(藏識), 종자식(種子識)이라고도 한다. 모든 종자와 식이 없어지지 않는다는 뜻에서 무몰식이라고 하며, 모든 법의 근본이 되므로 본식이라고 하며, 모든 것을 함장(含藏)하여 존재하게 하므로 장식 또는 종자식이라고 한다. 아뢰야연기는 아뢰야식을 중심으로 한 연기설이다. 유식학에서는 일체 만유는 모두 아뢰야식에서 연기한다고 주장한다. 화엄종에서의 아뢰야연기는 종자(種子)와 현행(現行)의 관계로써 설명된다. 세상의 모든 현상은 이 장식이 가지고 있는 종자에서 현행하며, 이와 동시에 그 종자에서 현행한 법은 다시 장식 가운데 새로 그 종자를 훈습(薰習)한다. 이렇게 본래 있는 종자와 현행, 새로 훈습된 종자의 셋이 거듭 반복하여[輾轉] 서로 생하고, 서로 인(因)과 과(果)가 되어서 종자가 현행을 생하고[種子生現行], 현행이 종자를 훈습하는[現行薰種子] 관계가 된다. 종자와 현행의 상호 작용은 3세에 걸친 윤회를 설명하는 데에도 적용된다. 『섭대승론본(攝大乘論本)』 권상에서는 아뢰야식에 의지하여 모든 법이 생겨나는 것을 ‘자성을 분별하는 연기’라고 한다. 아뢰야식 사상은 원시불교에 근원을 두고 있으며, 부파불교 시대의 여러 논사들도 아뢰야를 애착, 탐애, 애(愛) 등으로 간주하였다. 대승불교에서는 마명(馬鳴)이 아뢰야식을 말하였고, 미륵(彌勒, Maitreya)‧무착(無著, Asaṅga)‧세친(世親, Vasubandhu) 등도 모든 것은 아뢰야식에서 연기한다고 하였다. 특히 무착은 종자훈습설(種子熏習說)을 말하였으며, 진망화합(眞妄和合)으로서의 아뢰야식을 주장하였다.