유식학에서는 모든 인식작용을 일으키는 힘이 마음 깊은 곳에 존재하는 알라야식에 드러나지 않은 상태로 있다고 생각한다. 그리고 이것을 ‘종자’라고 부른다. 종자는 식물의 씨앗을 말하며, 싹이나 가지를 만들어 낼 수 있는 가능성을 가지고 있다. 유식학에서는 알라야식에 저장되어 있으면서 스스로 작용을 일으키는 ‘특수한 정신적 에너지[功能差別, śakti-viśeṣa]’를 식물의 씨앗에 비유하여 ‘종자’라고 표현하고 있다. 유식학에서 ‘종자’는 단순한 생리학적 저장물이 아니다. 『성유식론(成唯識論)』에 따르면, 모든 종자는 다음의 여섯 가지 속성을 갖추어야 비로소 종자로서의 작용이 가능해진다고 한다. 이를 종자육의(種子六義)라고 한다. ① 종자는 순간순간마다 생멸을 반복하면서 지속된다[刹那滅義]. ② 종자는 미래의 결과를 발생시키면서 그 결과와 함께 존재한다[果俱有義]. ③ 종자는 항상 지속적이면서 성질이 바뀌거나 단멸되지 않는다[恒隨轉義]. ④ 종자는 선·악·무기(無記)를 일으킬 힘이 결정되어 있다. 선의 종자에서 악의 결과가 현행된다거나, 악의 종자에서 선의 결과가 현행되는 경우는 결코 없다[性決定義]. ⑤ 제8식의 종자가 인(因)으로 있다 해도 이에 상응하는 연(緣)이 없으면 생할 수 없다. 따라서 언제까지라도 연이 있을 때까지 기다린다[待衆緣義]. ⑥ 종자는 오직 자기의 결과만을 발생시킨다[引自果義].