번뇌의 산스크리트어 클레사(kleśa)는 ‘괴롭히다’ 혹은 ‘괴로워하다’라는 뜻의 동사 클리스(kliś)에서 파생된 명사이다. 팔리어 킬레사(kilesa)는 ‘더러움에 물든다[染汚]’라는 의미가 있다. 일반적으로 번뇌는 열반을 방해하여 윤회하는 중생을 괴롭게 하는 것을 말하는데, 일부에서는 견디기 힘들 정도의 열기(paritāpa)를 일으키는 것이라고 표현하기도 한다. 이를 어원적으로 불을 끄거나 꺼진 상태를 의미하기도 하는 열반(nirvāṇa)에 빗대어 보면 번뇌의 소멸이 곧 열반이라는 의미가 된다. 이 온갖 번뇌들에는 그 토대가 되는 근원적인 번뇌 다섯 가지가 있다. 첫째는 근본무지[無明, avidyā]이다. 근본무지란 우리가 속한 모든 차원의 세계[삼계]에서 발현되는 무지이다. 무지는 어리석음(moha)과 같은 뜻으로 명료하지 않은 것을 말한다. 모든 것에 대해 잘못된 판단을 하고 의심하며 여러 가지 더러움에 물드는 토대로 작용한다. 더러움에 물든다는 것은 탐욕, 분노 등의 번뇌가 현재 일어나 작용한다는 의미이다. 근본무지는 구체적으로 행위[業]와 그 결과[業報], 사성제(四聖諦), 삼보(三寶)에 대한 무지라고 할 수 있는데, 여기에는 다시 천성적으로 분별된 것과 후천적으로 분별된 것이 있다. 둘째는 탐욕[貪, rāga]이다. 탐욕이란 우리가 속한 모든 차원의 세계(삼계)에서 발현되는 애착을 말하며 괴로움을 일으키는 작용을 한다. 이는 사막에서 물을 찾는 것처럼 매우 강한 갈망인 갈애(渴愛, tṛṣṇā)에 의해 일어나는데, 항상 변하고 영원하지 않은 존재[五取蘊]에 대한 애착이자 집착이라고 할 수 있다. 셋째는 분노[嗔, pratigha]이다. 분노란 모든 살아 있는 중생에 대해, 혹은 괴로움과 이와 연관되는 모든 요소에 대한 적개심(āghāta)이다. 기분을 나쁘게 하는 불쾌함과 나쁜 행동의 토대가 되는 작용을 한다. 간략히 말하면 온갖 중생들에 대한 적개심, 화이다. 유가행파에 따르면 화가 난다는 것은 편안하고 온화하게 있지 못해 불안하고 괴로운 상태를 말한다. 넷째는 자만[慢, māna]이다. 자만이란 항상 변하고 영원하지 않은 것을 변하지 않고 영원한 ‘나’와 ‘나의 소유’가 있다고 집착하는 견해인 유신견(有身見, satkāyadṛṣṭi)에 의존해서 거들먹거리고 들뜨면서 거만하고 교만한 것을 말한다. 이는 존경해야 할 자를 존경하지 않는 것[不敬, agaurava], 즉 스승이나 원로 등 덕을 갖춘 자들에 대한 교만(stabdhatā)과 괴로움을 일으키는 토대로 작용한다. 자만은 또한 타인과 비교해서 자신이 더 우월하다고 생각하는 것을 말하는데 구체적으로 일곱 가지가 있다. 즉 우월감, 뛰어나다는 우월감, 대단하다는 우월감, ‘내가 있다’고 하는 우월감, 탁월하다는 우월감, 조금만 열등하다는 우월감, 덕을 갖고 있다고 잘못 생각하는 우월감을 말한다. 이는 나와 나의 것이 있다고 생각하는 견해에 기반해서 나와 나의 것을 다른 것과 차별함으로써 자신을 높이고 타인보다 뛰어나다고 생각하는 것을 말한다. 다섯째는 의혹[疑, vicikitsā]이다. 의혹이란 갖가지 진리에 대한 의심(satyeṣuvimati)을 말한다. 이는 선하게 행동하고 생각하며 말하지 않는 토대로 작용한다. 그런지 아닌지 더 두고 보자[猶豫]는 식으로 진리에 대한 확신이 없고 어리석기 때문이다. 이와 같은 근본번뇌(mūla-kleśa)에 기반해서 수많은 번뇌가 따라 일어난다. 일반적으로 아비달마 설일체유부에서는 열아홉 가지, 초기유식학에서는 스무 가지의 수번뇌(隨煩惱, upakleśa)를 분류하고 있다. 또한 번뇌를 총칭해서 결(結), 박(縛), 수면(隨眠), 수번뇌(隨煩惱), 전(纒)등이라고도 한다. 원효에 따르면 번뇌는 또한 번뇌장(煩惱障, kleśa-āvaraṇa)과 소지장(所知障, jñeya-āvaraṇa)으로 나뉜다. 번뇌장은 깨달음을 향해 가는 길을 번뇌가 방해하고 가로막는다는 의미이고, 소지장은 앎의 대상(깨달음)을 덮어서 은폐한다는 의미이다. 번뇌장과 소지장의 기원은 초기경전에서부터 등장하는 업장(業障, karmāvaraṇa), 번뇌장(煩惱障, kleśāvaraṇa), 이숙장(異熟障, vipākāvaraṇa)에 기반하고 있다. 업장은 어머니, 아버지, 아라한을 해치고 승가의 화합을 파괴하며 붓다의 몸에 피가 나게 하는 오무간업(五無間業) 등이 곧 장애라는 의미를 담고 있다. 번뇌장은 ‘번뇌 없는 지혜[無漏慧]’가 일어나는 것을 방해하고 ‘지혜를 통한 해탈[慧解脫]’을 얻지 못하게 방해하는 것을 말한다. 이숙장은 과거의 번뇌로 인한 행위작용이 원인이 되어 장애가 발생하는 것을 말한다. 소지장은 『아비달마대비바사론(阿毘達磨大毗婆沙論)』에 처음 등장하고 번뇌장과 소지장을 인무아(人無我, pudgala-nairātmya), 법무아(法無我, dharma-nairātmya)와 연관 짓는 것은 초기 유가행파에서부터이다. 즉 탐욕 등의 번뇌는 ‘나’라고 집착하는 견해[我見]에서 일어나고 이 견해를 끊으면 인무아를 얻는다. 또한 모든 것은 변하고 실체가 없다는 법무아를 알게 되면 소지장이 끊어진다. 번뇌장은 아라한의 경지에서 끊어지고 소지장은 붓다의 경지에서 끊어진다.