『금강삼매경』에 대한 원효의 해설서이다. 일반적으로 논(論)은 경·율·론 삼장(三藏)에 포함되는 문헌이지만, 원효의 해설서를 소(疏)나 초(鈔)가 아닌 논(論)으로 칭한 것은 그의 해설이 그만큼 권위를 인정받은 것으로 볼 수 있다.

개별적으로 드러낸 부분에 다음과 같이 여섯 개의 품이 있다. 첫째는 「무상법품(無相法品)」으로 분별상이 없는 관찰을 설명한 것이다. 둘째는 「무생행품(無生行品)」으로 무생(無生)과 무생을 터득하는 행(行)을 드러낸 것이다. 셋째는 「본각리품(本覺利品)」으로 본각에 의하여 중생을 이롭게 하는 것이다. 넷째는 「입실제품(入實際品)」으로 허상으로부터 실제에 들어가는 것이다. 다섯째는 「진성공품(眞性空品)」으로 일체행이 진성과 진공에서 나왔음을 변별한 것이다. 여섯째는 「여래장품(如來藏品)」으로 무량한 법문이 여래장에 들어있음을 드러낸 것이다. 이와 같은 여섯 품은 관행을 두루 다 갖춘 것이다. 왜냐하면 무릇 망상이 무시 이래로 유전(流轉)하는 것은 단지 형상에 집착하여 분별하는 번뇌 때문이다. 이제 그 유전을 거슬러 근원으로 돌아가려면 먼저 모든 분별상을 없애야 한다. 그러므로 첫째로 분별상이 없는 법을 관찰할 것을 설명하였다.

원효의 『금강삼매경론』 3권은 『금강삼매경』에 대한 역대 최초의 주석서이다. 원효는 『금강삼매경』에 대해 전체적으로 네 부분으로 나누어 『논』을 썼다. 첫째는 경전의 대의를 설명하고, 둘째는 경전의 종지를 설명하며, 셋째는 경전의 제목을 해석하고, 넷째는 경전의 본문을 풀이하는 것이다. 첫째 경전의 대의로는 일심(一心)을 제시하였는데, 이 일심의 성격에 대해 원효는 유무(有無)를 초월하여 청정하고, 진속(眞俗)이 융합하여 고요하다고 설명하였다. 둘째 경전의 종지에 대해서는 총체적인 것과 개별적인 것으로 나누어 설명하였다. 즉 총체적으로는 일미관행(一味觀行)을 핵심으로 삼지만, 개별적으로는 십중법문(十重法門)을 종지로 삼는다. 십중법문은 일심(一心)으로부터 십지(十地)에 이르는 다양한 수행문으로 구성되어 있다. 그러므로 원효는 수행의 십중법문을 『금강삼매경』의 종지라고 하였다. 셋째 경전의 제목에 대해서는 이 경이 모든 것을 타파하기 때문에 금강삼매(金剛三昧)라 하고, 모든 것을 내세우기 때문에 섭대승경(攝大乘經)이라 하며, 일체의 의(義)와 종(宗)을 갖추기 때문에 무량의종(無量義宗)이라는 명칭을 붙인다고 설명하였다. 넷째 경전의 본문을 풀이하는 곳에서 원효는 『금강삼매경』을 서분(序分)·정설분(正說分)·유통분(流通分)으로 나누어 설명하고 있다. 서분은 「서품」 하나에 해당하고, 정설분은 「무상법품(無相法品)」·「무생행품(無生行品)」·「본각리품(本覺利品)」·「입실제품(入實際品)」·「진성공품(眞性空品)」·「여래장품(如來藏品)」, 그리고 「총지품(總持品)」의 앞부분까지로, 『금강삼매경』의 본문에 해당한다. 유통분은 「총지품」의 뒷부분인 “그때 여래께서 대중에게 다음과 같이 말씀하셨다. 이 보살들은 불가사의하다.” 이후에 해당한다.

제1편 경전의 대의를 서술함 제2편 경전의 종지를 판별함 제1장 일미관행 제2장 십중법문 제3편 경전의 제목을 해석함 제1장 금강 제2장 삼매 제4편 경문의 뜻을 해석함 제1장 서분(「서품(序品)」) 제2장 정설분 1. 개별적으로 관행을 드러냄 1) 「무상법품(無相法品)」 2) 「무생행품(無生行品)」 3) 「본각리품(本覺利品)」 4) 「입실제품(入實際品)」 5) 「진성공품(眞性空品)」 6) 「여래장품(如來藏品)」 2. 총체적으로 모든 의심을 해결함(「총지품(總持品)」) 제3장 유통분 1. 보살을 찬탄하여 유통시킴 2. 대중에게 권장하여 유통시킴 3. 경전의 제명을 내세워 유통시킴 4. 수지하여 유통시킴 5. 참회시켜 유통시킴 6. 봉행하여 유통시킴