원효는 많은 저술을 남겼지만, 산실된 문헌이 많다. 현재 『한국불교전서』 제1책(1979년)에는 총 23종의 문헌이 수록되어 있으며, 『한국불교전서』 제15책(2022년)에는 12종의 집일문(輯逸文)이 새롭게 수록되었다. 제1책에 수록된 문헌 가운데 『유심안락도』와 같은 문헌은 원효의 진찬 여부에 대한 논란이 있다. 새로 추가된 12종의 집일문은 주로 일본 승려들의 저술을 통해 원효의 저술을 복원한 것이다.

한국불교전서 제1책 수록 23종 문헌의 목록
번호	문헌번호	문헌명	분량	비고
1	H0005	대혜도경종요(大慧度經宗要)	23단
2	H0006	법화종요(法華宗要)	22단
3	H0007	화엄경소(華嚴經疏) 권3 병서(幷序)	9단	일부
4	H0008	본업경소(本業經疏) 권하 병서(幷序)	78단	일부
5	H0009	열반종요(涅槃宗要)	70단
6	H0010	미륵상생경종요(彌勒上生經宗要)	17단
7	H0011	해심밀경소서(解深密經疏序)	2단
8	H0012	무량수경종요(無量壽經宗要)	27단
9	H0013	아미타경소(阿彌陀經疏)	11단
10	H0014	유심안락도(遊心安樂道)	44단	저자논란
11	H0015	보살계본지범요기(菩薩戒本持犯要記)	15단
12	H0016	범망경보살계본사기(梵網經菩薩戒本私記) 권상	55단
13	H0017	금강삼매경론(金剛三昧經論)	220단
14	H0018	대승기신론별기(大乘起信論別記)	61단
15	H0019	기신론해동소(起信論海東疏) 병간행서(幷刊行序)	105단
16	H0020	대승기신론소기회본(大乘起信論疏記會本)	170단	근대 회본
17	H0021	이장의(二障義)	75단
18	H0022	판비량론(判比量論)	8단	잔간
19	H0023	중변분별론소(中邊分別論疏) 권3	62단	일부
20	H0024	십문화쟁론(十門和諍論)	9단	잔간
21	H0025	발심수행장(發心修行章)	3단
22	H0026	대승육정참회(大乘六情懺悔)	3단
23	H0027	미타증성게(彌陀證性偈)	1단	게송
			1,090단

한국불교전서 제15책 수록 12종 집일문의 목록
번호	문헌번호	문헌명	분량	비고
1	-	집일 금광명경소(金光明經疏)	199단
2	-	집일 승만경소(勝鬘經疏)	66단
3	-	집일 능가경소(楞伽經疏)	4단
4	-	집일 능가경종요(楞伽經宗要)	5단
5	-	집일 겁장(劫章)	2단
6	-	집일 보살영락본업경소(菩薩瓔珞本業經疏) 권상	5단
7	-	집일 인왕경소(仁王經疏)	1단
8	-	집일 해심밀경소(解深密經疏)	1단
9	-	집일 인명입정리론기(人明入正理論記)	7단
10	-	집일 삼론현의(三論玄義)	1단
11	-	집일 대승기신론요간(大乘起信論料簡)	1단
12	-	집일 일도의(一道義)	1단
			293단

원효의 저술을 살펴보면 대부분 대승 경전에 대한 주석서가 많으며, 반야(般若)·삼론(三論)·천태(天台)·열반(涅槃)·여래장(如來藏)·유식(唯識)·화엄(華嚴)·계율(戒律)·정토(淨土)·선(禪) 등 당시 중국 불교계에서 연구 논의되던 사상을 전반적으로 다루고 있다. 「서당화상비」에서는 『십문화쟁론(十門和諍論)』과 『화엄종요(華嚴宗要)』를 그의 대표 저술로 언급하고 있다. 가장 많은 종류의 저술을 남긴 것으로 미루어보면 『대승기신론』과 『화엄경』을 매우 중요시했음을 알 수 있다. 또 유식 관련 저술도 『섭대승론소(攝大乘論疏)』, 『해심밀경소(解深密經疏)』를 비롯한 14종 40여 권에 이르며, 현장 이전의 구유식과 이후의 신유식을 포괄하고 있다. 또 정토 관련 저술도 『아미타경소(阿彌陀經疏)』, 『무량수경종요(無量壽經宗要)』 등 9부 10여 권이다. 원효의 저술 중 저술 연대가 분명한 것은 671년의 『판비량론(判比量論)』 뿐이고, 나머지는 각 저술에서 인용하고 있는 현장의 번역서 및 원효 자신의 저술을 기준으로 상대적으로 설정할 수 있다. 예를 들면 현장이 번역한 『현양론』(646년) 『유가사지론』(648년) 『구사론』(654년) 등을 인용한 저술은 신라에 전해지는 시간을 감안하면, 650년 무렵 이후 저술되었을 것으로 추정할 수 있다. 이를 따르면 원효의 대부분의 저술은 650년대 전반 이후에 일어졌다고 추정된다. 그중 원효의 생애 후반기에 저술되었을 것으로 보이는 저술은 『보법기(普法記)』와 『화엄종요(華嚴宗要)』로, 원효가 의상에게 수전법(數錢法)을 물어서 이해했다는 것으로 보아 의상이 귀국한 670년 이후의 것이다.

원효에게 직접 영향을 미친 신라 불교계의 스승으로는 혜공(惠空), 낭지(朗智) 등을 들 수 있다. 혜공이 만년에 항사사(恒沙寺, 후일 吾魚寺)에 머물고 있을 때 원효가 여러 경전에 대한 소(疏)를 저술하면서 자주 찾아와 의문을 해결했다. 혜공의 저술이 남아 있지 않아 그의 사상적 경향을 정확히 알 수 없지만, 자신이 『조론(肇論)』을 지었다고 말했다고 전해진다. 원래 『조론』은 중국 승려 승조(僧肇, 374-414)의 저술을 모은 것으로, 용수의 반야공관(般若空觀) 사상을 선양하였다. 이로 본다면 혜공도 반야공관 사상에 정통한 인물로 추정되며, 원효의 『금강삼매경론』에서도 『조론』의 영향을 찾아볼 수 있다. 또 원효는 영취산에 머물며 『법화경』을 강의하던 낭지를 자주 찾아가자 낭지는 원효에게 『초장관문(初章觀文)』과 『안신사심론(安身事心論)』(안심사신론의 잘못)을 저술하도록 하였다. 이들 저술은 현재 남아 있지 않지만, 원효의 『법화종요』에 그의 영향이 남아 있다. 원효는 육로를 통해 당에 유학하려고 고구려를 지나가다가 고구려 승려였던 보덕(普德)에게 『열반경(涅槃經)』과 『유마경(維摩經)』 강의를 들었다. 『열반경』은 “모든 중생은 모두 불성佛性을 지니고 있다.”는 것이 경전의 핵심으로, 그 때문에 모든 중생이 성불할 수 있다는 것이다. 원효가 『열반종요(涅槃宗要)』에서 불성을 강조한 것도 이와 관련이 있을 것이다. 원효의 저술 중 중국에 전해져 큰 영향을 미친 것은 『화엄경소』, 『금강삼매경론』, 『대승기신론소』 등이다. 『화엄경소』는 일찍 중국에 전해져, 법장(法藏, 643-712)이 『화엄경탐현기(華嚴經探玄記)』에서 인용되었다. 원효는 불교 경전을 크게 다음과 같이 분류했다. 즉 사제(四諦)와 연기(緣起)를 설한 경전을 삼승별교(三乘別敎), 『반야경』과 『해심밀경』의 삼승통교(三乘通敎), 『영락경』과 『범망경』의 일승분교(一乘分敎), 『화엄경』과 보현교(普賢敎)의 일승만교(一乘滿敎)의 넷이다. 그 기준은 삼승(三乘)이 함께 배우는 것을 삼승교, 그중 법공(法空)을 설하지 않은 것은 별교(별상교別相敎)이고 법공을 설한 것을 통교라 한다. 그리고 이승(二乘)과 함께 하지 않는 것을 일승교라 하고 그중 드러내지 않은 것은 분교(수분교隨分敎), 보법을 밝힌 것을 만교(원만교圓滿敎)라 하였다. 원효는 중국에서 진행되던 불교 경전의 구분법을 받아들여 일승과 삼승, 별교와 통교, 분교와 만교 등으로 구분하였다. 원효의 분류에서 보이는 특징은 『범망경』과 『영락경』을 일승분교에 배당한 것이다. 이 경전들은 대승보살계를 설한 것으로, 원효가 당시 불교 대중화를 위해 재가 신자들의 윤리적 근거로 중요시한 독창적 견해이다.

『금강삼매경론』은 7세기 중반 신라에서 편찬된 것으로 여겨지기도 하는 『금강삼매경』에 대한 첫 번째 주석서이고, 『대승기신론』은 원효의 사상에서 중요한 논서이다. 원효는 그동안 중국에서 주목되지 않았던 『대승기신론』에 주목하여 『대승기신론소』를 저술하였다.