태안 동문리 마애삼존불입상은 백화산 정상 부근에 있는 태을암 경내에 있다. 백화산은 태안반도와 내륙의 경계에 위치한 야트막한 산으로, 남서쪽의 서해와 연결되는 지점에 있다. 마애불은 태을암 동쪽에 솟은 암반의 남동향면에 조성되어 있다. 암반 전면에 방형의 감을 파고 그 내부에 2구의 여래입상과 보살입상의 삼존을 새겼다. 이는 여래를 중심으로 좌·우 협시보살을 배치하는 일반적인 삼존 형식과는 다른 독특한 형식으로, 중앙의 보살입상이 좌·우 여래입상에 비하여 작게 새겨져 있다. 세 상 모두 고부조로 조성되어 있는데, 특히 좌·우 여래입상의 머리에서 상반신까지는 거의 환조에 가까울 정도로 입체감이 뚜렷하다. 우측 여래입상은 높이 306㎝이며, 연화대좌와 보주형 두광을 지니고 있다. 머리는 소발이며, 작은 육계가 봉긋하게 솟아 있다. 얼굴은 길쭉한 형태이며, 이목구비는 파손되어 뚜렷하지 않지만 입가에 미소를 머금은 듯한 모습이다. 대의는 통견식으로 착용하였으며, ‘U’자형으로 크게 열린 가슴에는 ‘y’형으로 여며 입은 내의와 고리 모양의 군의 띠매듭이 보인다. 옷주름은 신체 전면에 ‘U’자형을 이루며 흘러내리고 있는데, 주름의 간격이 넓게 형성되어 있다. 수인은 오른손을 위로, 왼손을 아래로 내려 손바닥을 보이는 시무외·여원인인데, 두 손 모두 약지와 소지를 구부리고 있는 것이 특징이다. 이러한 손모양은 특히 예산 화전리 석조사면불상, 서산 용현리 마애여래삼존입상 등 백제계 불상을 중심으로 나타나는 특징이다. 좌측의 여래입상은 높이 293㎝로 우측 상보다 약간 작다. 이 상은 상호, 착의법 등이 우측 여래입상과 거의 동일하다. 그러나 수인은 우측 상과는 달리 오른손을 들어 가슴 앞에 두고, 왼손을 복부 앞에 들어 그릇 모양의 지물을 들고 있다. 좌측상이 들고 있는 지물은 상부에 작은 꼭지가 달린 뚜껑을 갖추고 있어 약합으로 추정된다. 즉 이 상은 우리나라 불상 중 가장 이른 시기에 제작된 약사여래라 할 수 있다. 중앙의 보살상은 높이 높이 227㎝로, 삼존 중 가장 작은 크기이다. 보살상은 머리에 높은 보관을 쓰고 있으며, 긴 관대가 어깨까지 덮고 있다. 어깨에 걸친 천의 자락은 신체 전면에서 ‘X’자형으로 교차되고 있으며, 그 끝자락은 양 팔뚝에 걸어 늘어뜨리고 있다. 보살상은 양손을 복부 앞에 포개어 보주로 추정되는 지물을 받들고 있다. 이 상과 같이 가슴 앞에서 보주를 받들고 있는 보살상은 부여 정림사지 출토 소조보살상편, 부여 신리 출토 금동보살입상, 서산 용현리 마애여래삼존상 우협시보살상 등 백제 보살상에서 주로 나타나는 특징이다. 한편 마애불의 대좌 부분은 오랜 기간 매몰되어 있었으나, 1994~1997년 실시된 발굴 및 보수 작업을 통하여 드러나게 되었다. 대좌는 모두 복련의 연화좌 형태인데, 특이한 것은 중앙 보살입상의 대좌가 양 여래입상 대좌의 뒤쪽에 있는 것처럼 조각되어 있다는 점이다. 이 보살상은 두 여래입상보다 작은 크기, 대좌의 형태로 인해 두 여래입상보다 후대에 조성되었을 가능성이 제기되기도 한다. 태안 동문리 마애삼존불입상은 미소를 띤 듯한 상호, 띠고리 형태의 군의 띠매듭, 손가락을 구부린 시무외· 여원인의 수인과 보주를 받든 보살상의 형태 등 백제 불상의 특징적 요소를 모두 갖추고 있다. 이 상은 백제 마애불 중 가장 이른 시기에 조성된 마애불으로서, 6세기 후반-7세기 전반 무렵 백제와 중국 동위, 남조 양의 문화 교류 현상을 반영하고 있다는 점에서 중요한 의미를 지닌다.