남원 신계리 마애여래좌상은 풍악산(楓嶽山) 동쪽 사면 중턱에 있다. 풍악산은 동쪽 지리산과 면하여 있는 산으로서, 예부터 지리산을 통과하여 북쪽 지역으로 가는 교통로가 발달되어 있던 지역이다. 마애불이 있는 곳은 계곡 상부에 해당하는데, 주변에서 기와편, 자기편 등 유물이 확인된다. 따라서 마애불이 조성되었던 시기부터 이곳에 사찰이 있었던 것으로 짐작된다. 마애불은 평탄지 중앙에 솟은 작은 암반의 남쪽면에 새겨져 있다. 불상의 전체 높이는 360㎝이다. 불상은 머리에서 하반신에 이르기까지 고부조되어 있어 신체의 양감과 윤곽 등이 분명하게 드러난다. 머리는 소발이고 육계가 높게 솟아 있다. 얼굴은 긴 타원형을 이루는데, 아래로 길게 뻗은 눈꼬리가 위로 치켜 올라가 있는 것이 특징이다. 이 상은 대의를 편단우견으로 착용하고 있으며, 오른손을 복부 앞에 두어 손가락을 왼손 방향으로 내리고 있는 독특한 수인을 취하고 있다. 이러한 수인은 개성 현화사지 석조여래좌상, 여주 도곡리 석조여래좌상, 천안 삼태리 마애여래좌상 등 고려시대 불상에서만 드물게 확인된다. 수인의 의미는 정확히 알 수 없지만, 고려시대에 새롭게 유입된 수인이 반영되어 있는 것은 분명하다. 한편 마애불의 광배는 화염문, 연주문, 연화문 등으로 화려하게 장식되어 있다. 두광 중앙에는 연화문이 간략한 형태로 새겨져 있고, 두광과 신광의 테두리에는 연주문이 돌출되었다. 또한 그 주변에는 꼬리가 긴 형태의 화염문이 자유로운 형태로 새겨져 있다. 광배에서 특징적인 것은 연주문과 외연을 둘러싼 화염문의 표현이다. 이러한 광배의 구성은 보성 유신리 마애여래좌상, 해남 대흥사 북미륵암 마애여래좌상 등 9~10세기 무렵에 제작된 마애불과 유사성을 보인다. 그러나 신계리 마애불의 광배는 연주문의 배치가 느슨해지고 화염문의 형태가 단조롭게 표현되어 있어, 양식의 변화 양상을 엿볼 수 있다. 한편 마애불에 대좌는 새겨지지 않았으나, 무릎 아래에 8개의 방형 홈이 일렬로 뚫려 있다. 이 홈은 불상 하반신의 조각을 완성한 이후에 생긴 것으로 용도는 명확하지 않지만, 후대에 대좌나 공양단을 설치했던 흔적일 가능성이 있다. 남원 신계리 마애여래좌상은 머리 모양, 상호, 양감이 풍부한 신체 표현, 광배 등에서는 통일신라의 양식을 계승하고 있지만 도식적인 옷주름 표현, 일직선으로 단순하게 표현된 하반신, 느슨해진 광배 의장 등에서 변화의 양상이 엿보인다. 마애불에 나타나는 육계가 높고 분명한 소발의 머리, 방형에 가까운 얼굴형 등은 남원 지역 마애불뿐만아니라 이후 전개되는 불상 양식으로도 이어진다. 또한 꽃잎이 길죽한 연화문 두광의 형태는 고려시대 남원 지역 불상 광배와 비슷한 모습이다. 따라서 남원 신계리 마애여래좌상은 전라도 지역 내에 이미 뿌리내리고 있던 통일신라 불상 양식과 기술을 계승하면서도, 새로운 도상과 고려적인 표현 방식 등 새로운 시대의 변화를 반영하고 있는 상으로 해석할 수 있다. 또한 광배의 표현 등에서는 지역화의 경향을 엿볼 수 있다. 불상의 제작 시기는 고려 전기인 10세기 무렵으로 추정된다.