고성 거산리 마애약사여래좌상은 고성군과 통영시의 경계부에 위치한 거류산에 있다. 거류산은 남쪽으로는 통영, 서쪽으로는 고성과 연결되는 산으로서, 북쪽 봉우리 정상에 솟은 바위의 북서향면에 마애불이 있다. 마애불 주변에는 고려시대 기와편, 청자편 등의 유물이 발견되는 곳이 있어, 고려시대에는 마애불을 모시기 위한 사찰이 인근에 있었던 것을 짐작할 수 있다. 마애불은 머리 부분은 저부조, 신체 이하 대좌까지는 선각으로 조성하였다. 전체 높이는 248㎝이다. 연화대좌 위에 결가부좌 하였으며, 광배는 표현되지 않았다. 마애불의 머리는 1㎝ 정도 두께로 돋을새김 되었는데, 소발(素髮)의 머리에 육계가 뚜렷하게 솟아 있고, 반쯤 뜬 긴 눈이 일직선에 가까운 형태를 띠는 것이 특징이다. 코는 길고 콧방울이 뚜렷하며, 인중이 짧고 입술이 두툼하고 크다. 양 옆으로 살짝 벌어진 귀에는 귓바퀴가 분명하게 새겨져 있다. 이러한 상호로 인해 이 불상은 토속적인 인상을 준다. 대의는 양 어깨를 덮고 있는데, 가슴 사이로 보이는 내의 끝단에는 당초문(唐草文) 또는 운문(雲文)으로 보이는 문양이 새겨져 있다. 내의 끝단에 문양을 표현하는 방식은 석조불상이나 마애불에서는 잘 표현되지 않는 것으로, 목의 삼도를 꽃받침과 같은 형태로 새긴 것과 함께 상의 장식성을 돋보이게 하고 있다. 상의 존명은 왼손을 복부에 두어 둥근 형태의 약합(藥盒)을 받들고 있어 약사여래임을 알 수 있다. 오른손은 마모되어 분명히 보이지 않지만, 손을 가슴까지 들어올려 엄지와 중지를 맞대고 있는 손모양일 것으로 추정된다. 불상이 앉아 있는 대좌는 문양이 없는 단순한 형태의 연꽃잎이 이중으로 중첩된 앙련의 모습이다. 마애불은 신체를 선각, 상호를 양각으로 하여 불성(佛性)의 상징인 상호 부분을 강조하고 있다. 또한 세부는 가는 선으로 옷주름의 유연한 흐름을 자연스럽게 묘사하였고, 결가부좌하여 노출한 오른쪽 발의 발금과 발톱 모양까지 세심하게 표현하였다. 이러한 모습은 마치 회화 작품을 마주하고 있는 듯한데, 시흥 소래산 마애보살입상(보물)에서도 비슷한 제작 방식을 볼 수 있어 고려시대 마애불 제작 기술의 다양성을 보여준다. 또한 제천 덕주사 마애여래입상에서 보이는 토속적인 상호와 서로 닮아있다. 따라서 고성 거산리 마애약사여래좌상은 고려 전기, 지역의 불상 양식 교류를 통한 고려 불상으로서의 특징과 지역적 특색을 함께 발현하고 있는 작품이라 할 수 있다.