정혜사 능인선원은 참선(參禪)공간으로 시끄러운 속세를 떠나 조용히 참선수행하는 선실로 불교에서는 참선에 들어간다는 말을 선방에 간다고 표현한다.[1]2018 전통사찰 전수조사보고서 대전ㆍ세종ㆍ충남ㆍ충북ㆍ신규지정, 315쪽 정혜사 능인선원은 수덕사의 여러 부속암자들 중 하나인 정혜사(定慧庵)의 부속건물이다. 정혜사는 대웅전이 위치한 중심예불영역에서 북쪽으로 650여 미터 떨어진 곳에 별도의 공간을 마련하고 있다. 사찰 산문을 지나 황하정루에서 서쪽으로 난 길을 따라 정혜사에 이를 수도 있는데 견성암을 왼쪽에 두고 북서쪽으로 난 길을 따라 600여 미터 오르막길을 따라가면 정혜사 영역에 이른다. 능인선원은 정혜사 영역에서 동측에 치우쳐 자리하고 있다. 향적당과 요사채, 능인선원을 중심으로 형성되어 마당에 자리하고 있는데 바로 동측에는 쌍수문이 인접하고 있다. 정혜사는 수덕사와 함께 599년 지명법사(智明法師)가 창건했다고 전하는데, 1930년 만공선사(滿空禪師, 1871~1946)가 중수하여 가람을 재정비하여 대표적인 선원(禪院)으로 자리잡았다. 정혜사의 현 건물들은 1916년에 건립한 능인선원(能仁禪院)과 1935년에 중창한 관음전(觀音殿), 산신각(山神閣), 불유각(佛乳閣), 요사(寮舍) 등이다. 능인선원은 2003년에 전통목구조로 지어진 건물로, 정면 7칸, 측면 4칸 규모이며 초익공 겹처마 팔작지붕으로 조성되었다. 화강암 장대석으로 조성된 3단의 기단(基壇) 위에 화강암 초석(礎石)과 원기둥을 세우고 기둥머리에는 별도의 초각을 하지않은 익공을 결구하고 있으며 지붕은 겹처마 팔작지붕을 얹고 있다.