수덕사 대웅전(大雄殿)의 불단(佛壇)은 사찰에서 흔히 볼 수 있는 넓은 사각형의 단(壇)위에 세 분의 부처님을 한꺼번에 다 올려놓은 형태가 아닌 육각형의 수미단(須彌壇) 위에 활짝 핀 연꽃 모양의 원형 대좌 위에 한 분씩 모셔 놓았다. 이러한 형태는 고려시대에 그려진 고려불화에도 같게 표현되어 있다. 중앙 석가여래좌상의 육각수미단과 연화대좌(蓮花臺座)는 목재연대측정과 양식 분석을 통해 대웅전 건립과 같은 고려 14세기 초엽에 조성된 것으로 보는데, 연화대좌는 2019년 삼존불의 보존처리가 진행되면서 근역성보관으로 이운되었다. 따라서 좌우의 육각수미단과 그 위에 놓인 3점의 연화대좌는 재현품이다. 나무로 만들어진 육각수미단은 1937년부터 시행된 대웅전 해체보수공사 당시에 촬영된 유리건판 사진이 잘 남아있어 수리한 부분과 수리 이전의 형태를 알 수 있다. 또한 조선시대 바닥에 마루가 깔리기 전 고려시대의 전돌위에 수미단이 만들어졌음을 유리건판 사진과 뒤쪽 문을 열었을 때 보이는 돌바닥을 통해 알 수 있다. 연화대좌는 고려시대에 나무로 만들어진 연화대좌로는 유일하다. 연꽃잎이 정교하게 조각되어 채색된 모습인데, 만들어지는 과정을 눈여겨봐야 한다. 한 줄에 24개의 연꽃잎이 총 4줄로 고정되어 있었는데, 가장 하단의 연꽃잎은 전부 탈락하여 따로 보관 중이므로 현재는 3줄만 남아있다. 각각의 연꽃잎은 우아한 곡선을 살려 나무로 조각한 후, 중앙과 가장자리의 화려한 문양을 다식을 찍어내듯 따로 만들어 붙였다. 이 정교하고 화려한 문양은 고려시대 불상과 보살상 조각에 표현된 장식과 같으며 고려불화의 연화대좌에도 같게 표현된 것을 쉽게 찾아볼 수 있다.