1937년 수리 이후 62년 만인 1999년에 대웅전에 대한 부분 수리가 진행되었다. 이 공사와 관련된 내용은 국가기록원에 보관중인 공사 내역 서류와 수리공사 보고서를 통해 확인할 수 있다. 1999년의 수리공사는 8월 4일에 착공되었고, 같은 해 11월 설계 변경되어 12월 31일에 공사가 완료되었다. 당시 수리 공사의 내용은 기단공사, 목공사, 단청공사, 수지처리공사 등으로 분류되었으며, 기단공사는 기술지도단 회의 후 추가되었고 목공사와 단청공사, 지붕공사는 설계 변경을 거쳐 실시되었다. 관련 서류 내용에 따르면 수덕사 대웅전은 보존 상태가 대체로 양호하나 배면부에 누수 흔적이 있었다고 한다. 이에 따라 누수의 원인을 기와의 파손에서 기인한 것으로 판단하였고, 서까래와 부연의 부식도 확인하였다. 이러한 사전 조사 결과를 바탕으로, 산자 이상 해체를 하여 부식 목부재를 교체하고 번와 보수하는 것을 골자로 공사가 설계되었다. 이후 공사 진행 과정 중 기술지도단의 자문 결과를 반영하여 일부 설계가 추가 또는 변경되었다. 먼저 기단에 대해서는 강회 다짐을 재시공하는 내용이 추가되었고, 목공사는 일부 퇴락된 연목 및 부연 부재는 교체하지 않고 인공 수지 처리하는 것으로 변경되었다. 단청공사는 박공부 앙벽 및 벽체 부분의 단청이 퇴락되어 가칠 시공이 필요한 상황으로 판단되어 교체 부재 및 앙벽 부분에 대한 고색 가칠을 하는 것으로 설계되었지만, 이후 설계를 변경하여 박공부 앙벽 부분의 석간주, 좌·우 측면 및 배면 벽체면에 대한 고색 가칠이 추가되었다. 지붕공사는 기와, 산자 엮기, 강회 다짐, 보토다짐, 적심목 교체 공사로 설계되었지만, 지붕 해체 이후 지붕 강회 마감에 누수의 흔적이 없는 것을 확인하고 산자 엮기, 보토 다짐, 적심목 공사는 생략하고 강회 다짐의 재시공만 실시하였다. 또한 사전 설계 당시보다 파손된 기와가 많은 것으로 확인됨에 따라 기와 교체 수량을 증가하는 것으로 변경하였다. 수지 처리 공사는 공사 단계에서 추가된 것으로, 연목 및 부연의 해체 없이 인공 수지 처리를 진행하도록 하였으며 부식과 부후가 심한 정면 귓기둥 2개를 수지 처리하였다. 이상 1999년의 보수공사 내용은 『1999 수덕사 대웅전 보수공사 보고서』로 정리되어 있으며, 국가기록원에는 사전설계도서, 기술지도단 명단 및 회의 결과 등에 관련한 서류, 보수공사 착공 및 준공 관련 서류 등이 보존되어 있다. 국가기록원에 보존되어 있는 1999년 수덕사 대웅전 보수 관련 서류 목록은 다음과 같다. 1. 수덕사 대웅전 보수공사(관리번호 CB0006255) 2. 설계도서 검토요청 : 수덕사 대웅전 (관리번호 : DA0274350, DA0271925) 3. 〈질의요지〉수덕사 대웅전 보존대책은? (관리번호 : DA0274348) 4. 1999 수덕사 대웅전 사전설계서 검토에 대한 회신 (관리번호 : DA0274252, DA0271927) 5. 수덕사 대웅전 보수공사 기술지도단 통보 (관리번호 : DA0274252, 관리번호 : DA0271927) 6. 설계변경사유서 : 수덕사 대웅전 보수공사 (관리번호 : DA0274348) 7. 수덕사 대웅전보수 기술지도단 회의결과 통보 (관리번호 : DA0274252) 8. 예산 수덕사 대웅전 보수공사 준공신고서 제출 (관리번호 : DA0271927) 9. 수덕사 대웅전보수 기술지도단 회의결과 통보 (관리번호 : DA0271927) 10. 문화재보수 현장점검 보고서 : 수덕사 대웅전 보수 (관리번호 : DA0271180) 11. 1999 수덕사 대웅전 주변정비사업 설계승인 신청 (관리번호 : DA0271925) 12. 1999 예산 수덕사 대웅전 보수 설계도서 작성 승인 (관리번호 : DA0271927) 13. 1999 예산 수덕사 대웅전 보수공사 착공신고서 제출 (관리번호 : DA0271927)