수덕사 대웅전은 1930년 무렵까지 구체적인 조사가 이루어지지 않았지만, 1933~34년 무렵 오가와 케이키치(小川敬吉, 1882~1950)의 조사를 통해 그 가치가 알려지게 되었다. 수덕사 대웅전의 보물 지정은 「조선보물고적명승천연기념물보존령(朝鮮寶物古蹟名勝天然記念物保存領) 제1조」에 의거한 것이다. 이 법령은 조선총독부(朝鮮總督府)가 조선의 고적과 유물을 지정하고 조사 관리하는 것을 목적으로 한다. 1933년에 시행된 ‘보존령’에 따라 수덕사 대웅전은 1936년 보물 제238호로 지정되었다. 1936년 5월 23일에 발행된 『조선총독부 관보(朝鮮總督府 官報)』 제2806호에 수록된 「조선총독부고시(朝鮮總督府告示) 제318호」에 따르면 수덕사 대웅전은 경성(京城) 문묘(文廟), 동묘(東廟), 개심사(開心寺) 대웅전, 보림사(寶林寺) 대웅전, 통도사(通度寺) 대웅전 등과 함께 보물로 지정되었다. 보물 지정 이후 수덕사 대웅전에 대해서는 1937년부터 1940년까지 수리 보수 공사가 진행되었다. 해방 이후 수덕사는 1962년 대한불교조계종 제7교구 본사로 승격되었고, 이 해에 수덕사 대웅전은 국보 제49호로 지정되었다(1962년 12월 20일). 수덕사 대웅전은 봉정사(鳳停寺) 극락전, 부석사(浮石寺) 무량수전과 함께 고려시대 3대 건축물로서 높은 가치를 지니고 있으며, 그 가운데에서도 건립연도가 분명하고 형태미가 뛰어나 한국 목조건축사에서 매우 중요한 문화유산으로 평가받고 있다. 수덕사 대웅전은 현재까지도 ‘예산 수덕사 대웅전’이라는 명칭으로 국보로서 지정 관리되고 있다.